Theo kết luận thanh tra, trong hai năm 2015, 2016, Học viện cho ra lò 2.811 thạc sĩ nhưng lại không có báo cáo gửi Bộ GD-ĐT theo quy định.
Năm 2017, đội ngũ giảng viên cơ hữu theo tự kê khai của Học viện Khoa học xã hội để xác định chỉ tiêu gồm: 21 GS, 184 PGS, 249 tiến sĩ. Trên cơ sở đó, Học viện đăng ký chỉ tiêu trình độ tiến sĩ là 450 chỉ tiêu, trình độ thạc sĩ là 1.740 chỉ tiêu. Tuy nhiên, kết quả kiểm tra số chỉ tiêu tự xác định của Học viện cho thấy, Khối ngành I: Trình độ tiến sĩ 20 chỉ tiêu (vượt năng lực 17 chỉ tiêu), trình độ thạc sĩ 40 chỉ tiêu; khối ngành III: Trình độ tiến sĩ là 200 chỉ tiêu, trình độ thạc sĩ là 1.300 chỉ tiêu (vượt năng lực 22 chỉ tiêu); khối ngành VII: Trình độ tiến sĩ là 230 chỉ tiêu (vượt năng lực 205 chỉ tiêu), trình độ thạc sĩ là 400 chỉ tiêu.
Ngày 30/4/2017, Học viện có Công văn số 113/HVKHXH gửi Bộ GDĐT đề nghị xác định lại chỉ tiêu của Học viện, theo đó số lượng chỉ tiêu giảm xuống còn 435 chỉ tiêu tiến sĩ và 1.600 thạc sĩ. Tuy nhiên, theo kết luận của Thanh tra Bộ GD-ĐT, căn cứ theo quy định của Thông tư 32/2015/TT-BGDĐT ngày 16/12/2015 của Bộ GD-ĐT quy định về việc xác định chỉ tiêu tuyển sinh đối với các cơ sở giáo dục đại học, chỉ tiêu tuyển sinh trình độ thạc sĩ năm 2017 của Học viện KHXH còn 86 chỉ tiêu so với 1.600 chỉ tiêu tự xác định. Đặc biệt, Học viện này không còn chỉ tiêu tuyển sinh trình độ thạc sĩ của khối ngành I và trình độ tiến sĩ của tất cả các khối ngành.
Bên cạnh vấn đề về việc tự xác định chỉ tiêu, Thanh tra Bộ GD-ĐT kiểm tra và phát hiện Học viện phân công hướng dẫn nghiên cứu sinh (NCS) vượt quá số lượng quy định tại khoản 11 Điều 1 Thông tư số 05/2012/TT-BGDĐT. Theo đó, cao nhất có GS được phân công hướng dẫn cùng một lúc 12 NCS, nhiều PGS được phân công hướng dẫn cùng lúc 9 NCS. Trong khi đó, theo quy định của Bộ GD-ĐT, mỗi người hướng dẫn khoa học không được nhận quá 2 NCS được tuyển trong cùng một năm ở tất cả các cơ sở đào tạo. Giáo sư được hướng dẫn cùng lúc không quá 5 nghiên cứu sinh; Phó Giáo sư hoặc Tiến sĩ Khoa học được hướng dẫn cùng lúc không quá 4 NCS; Tiến sĩ được hướng dẫn cùng lúc không quá 3 NCS ở tất cả các cơ sở đào tạo…
Đáng nói hơn nữa là kết quả kiểm tra danh sách hướng dẫn NCS ngành Quản lý giáo dục (năm 2015) cho thấy, có nhiều trường hợp được phân công hướng dẫn chưa đúng quy định tại Điều 25 Quy chế đào tạo trình độ Tiến sĩ như Tiến sĩ ngành Kinh tế lại được phân công hướng dẫn NCS chuyên ngành Quản lý giáo dục.
Bộ GD-ĐT kiểm tra xác suất 5 hồ sơ NCS cho thấy, có 3/5 hồ sơ NCS có bằng Thạc sĩ không phải là ngành đúng và ngành phù hợp với ngành/chuyên ngành NCS đang học hoặc đã tốt nghiệp. Theo báo cáo tự rà soát của Học viện, số NCS có bằng Thạc sĩ ngành khác với chuyên ngành đã được xét tuyển năm 2015 là 48 NCS, năm 2016 là 41 NCS.
Thậm chí, kết luận thanh tra cũng chỉ rõ năm 2015 Học viện phân công nhiều hướng dẫn nghiên cứu sinh vượt quá số lượng quy định của Bộ GD-ĐT. Tại một thời điểm có người được giao hướng dẫn tới 44 học viên gồm 29 học viên ngành Luật, 10 học viên ngành Chính sách công, 5 học viên ngành Công tác xã hội. Có người được giao 18, 11, 10 hoặc 9 người. Bên cạnh đó, Học viện vẫn đào tạo thạc sĩ tại các cơ sở ngoài trụ sở chính như TP.HCM, Đà Nẵng, Đăk Lăk… Năm 2015, học viên có 1.114 học viên bảo vệ thành công luận văn thạc sĩ. Năm 2016 là 1.697 học viên.
Liên quan tới vụ việc, trước đó, nhiều phân tích từ số liệu tại website của Học viện Khoa học Xã hội, thống kê từ đầu năm 2016 đến đầu tháng 4 Học viện đã có 58 tiến sĩ bảo vệ thành công (năng suất 1 ngày 1 giờ 15 phút ra một tiến sĩ). Để xác thực hơn, con số thống kê năm 2015, từ 1/1- 31/12, Học viện Khoa học Xã hội cho ra lò 165 tiến sĩ. Nếu chỉ tính ngày làm việc, năng suất năm 2015 là một ngày 3 giờ 55 phút cho ra lò một tiến sĩ. Trong khi đó, Chỉ tiêu tuyển sinh đào tạo tiến sĩ 2016 tại cơ sở này là 350. Chỉ tiêu tuyển sinh năm 2015 cũng là 350.
Từ những sai phạm trên, Thanh tra Bộ GD-ĐT kiến nghị Học viện Khoa học xã hội rà soát, có phương án xử lý đối với các trường hợp phân công hướng dẫn luận văn, luận án vượt quá số lượng quy định.
Cần chấn chỉnh công tác phân công hướng dẫn luận văn, luận án; bố trí thành viên hội đồng đánh giá luận văn, luận án theo đúng quy định của Quy chế; kiểm điểm, xem xét xử lý trách nhiệm các tổ chức, cá nhân để xảy ra các thiếu sót, sai phạm nêu trong Kết luận thanh tra. Báo cáo việc thực hiện kết luận thanh tra về Bộ GD-ĐT (qua Thanh tra) trước ngày 30/9/2017.
