Theo hồ sơ vụ việc, trong thời gian giữ chức Hiệu trưởng Trường Trung cấp TDTT TP Cần Thơ từ cuối năm 2010 đến tháng 5/2013, vì tư lợi cá nhân nên bị cáo Dũng đã chỉ đạo cho thủ quỹ là Nguyễn Lang Thùy và Huỳnh Hữu Hậu (nhân viên điện nước) mua hóa đơn, lập khống chứng từ kế toán để rút và chiếm đoạt từ ngân sách nhà nước và chiếm đoạt tiền thu sự nghiệp của trường tổng số tiền hơn 240 triệu đồng.
Ngoài ra, Dũng thực hiện không đúng các quy định, quy chế về quản lý nhân sự, quản lý tài chính kế toán, không chỉ đạo, thiếu kiểm tra công tác tài chính dẫn đến bị mất cân đối, thất thoát nguồn thu sự nghiệp với số tiền hơn 1,8 tỉ đồng không rõ nguyên nhân. Lê Ngọc Linh phụ trách kế toán của trường cùng chịu trách nhiệm hình sự với Hiệu trưởng về thất thoát này. Tuy nhiên, Thùy bị bệnh tâm thần nên quá trình điều tra đã bị bắt buộc đưa đi trị bệnh và sẽ xử lý sau.
Với những hành vi phạm tội và tội danh bị VKSND TP Cần Thơ truy tố, tại phiên tòa sơ thẩm ngày 10/1/2017, TAND TP Cần Thơ đã tuyên phạt Trần Trung Dũng 8 năm tù về tội “Tham ô tài sản” và 4 năm tù về tội “Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng”, tổng hợp chung hình phạt là 12 năm tù. Các bị cáo Huỳnh Hữu Hậu bị phạt 2 năm tù về tội “Tham ô tài sản”, Lê Ngọc Linh bị phạt 2 năm tù treo về tội “Thiếu trách nhiệm gây thiệt hại tài sản của Nhà nước”.
Ngoài ra, tòa còn buộc, hai bị cáo Dũng và Hậu liên đới bồi thường số tiền hơn 240 triệu đã tham ô, buộc Dũng và Linh liên đới bồi thường cho nhà trường hơn 1,8 tỉ là tiền làm thất thoát.
Sau đó, bị cáo Dũng và bị cáo Hậu đã gửi đơn kháng cáo đến tòa án cấp cao. Bị cáo Dũng chỉ thừa nhận tội thiếu trách nhiệm gây thiệt hại đến tài sản của Nhà nước nhưng đề nghị xem xét trách nhiệm phải bồi thường lại số tiền đã gây thất thoát cho nhà trường. Đồng thời, bị cáo kêu oan, cho rằng mình không phạm tội tham ô.
Tại các phiên xét xử trước, bị cáo cũng một mực kêu oan và đổ lỗi cho nguyên thủ quỹ của trường là Nguyễn Lang Thùy, hiện đang bị bắt buộc điều trị bệnh tâm thần. Về phần bị cáo Hậu xin kháng cáo hưởng án treo vì hoàn cảnh gia đình quá khó khăn, vợ thì bệnh về cột sống nằm một chỗ, một người con bị tàn tật không có việc làm, ngoài ra, bị cáo còn phải chăm sóc một cháu ngoại mới 3 tuổi.
Nhiều hồ sơ, chứng cứ đã được cung cấp tại tòa và chứng minh hành vi phạm tội của bị cáo Dũng. Trong giai đoạn thanh tra, điều tra, Thùy đều khai nhận hành vi phạm tội và vai trò của bị cáo Dũng trong vụ án. Các bị cáo Hậu và Linh (kế toán của trường) cũng thừa nhận vai trò của bị cáo Dũng đối với công tác thu chi và hoạt động của kế toán nhà trường, kể cả việc chỉ đạo kê khống chi để chiếm đoạt ngân sách của trường.
Những lời khai trên đã thể hiện vai trò chỉ đạo, chi phối của bị cáo Dũng đối với công tác tài chính kế toán của trường cũng như quan hệ gắn kết với Thùy. Trường Trung cấp TDTT TP Cần Thơ cũng đã khẳng định bị cáo Dũng là người quyết định các vấn đề tài chính của trường. Về phần bị cáo Dũng, trong giai đoạn thanh tra, điều tra bị cáo nhìn nhận hành vi kê khống, tổng số tiền đã rút từ ngân sách hơn 200 triệu. Các file ghi âm do bị cáo Dũng, Hậu cung cấp đã xác thực các chứng cứ vừa nêu.
Tại phiên tòa xét xử, căn cứ vào hồ sơ vụ việc, chứng cứ và lời khai của các bị cáo khác đã chứng tỏ việc quy kết bị cáo Dũng chiếm đoạt số tiền hơn 200 triệu là đúng người, đúng tội. Cấp sơ thẩm đã xem xét đúng tính chất vụ việc và đã đưa ra mức án phù hợp với hành vi phạm tội của bị cáo. Đối với trách nhiệm bồi thường của bị cáo Dũng, tòa cho rằng bị cáo là thủ trưởng đơn vị sự nghiệp, toàn quyền quyết định về thu chi tài chính nên phải chịu trách nhiệm chính khi để xảy ra thất thoát ngân sách của trường. Từ đó, việc kêu oan của bị cáo Dũng là không có cơ sở.
Đối với việc xin hưởng án treo của bị cáo Hậu, tòa căn cứ quy định pháp luật đối với tội tham ô thì không có cơ sở để chấp nhận kháng cáo. Theo đó, sau khi nghị án, HĐXX đã quyết định bác kháng cáo của 2 bị cáo, tuyên y án sơ thẩm, phạt bị cáo Dũng 12 năm tù về hai tội “Tham ô tài sản” và tội “Thiếu trách nhiệm gây thiệt hại đến tài sản của Nhà nước”, phạt bị cáo Hậu 2 năm tù về tội Tham ô tài sản”.
