Theo cáo buộc, Phan Thị Thúy Mai là người đứng đầu Cty TNHH Sản xuất thương mại dịch vụ Toàn Thắng (Cty Toàn Thắng) tại TP Hồ Chí Minh. Quá trình kinh doanh, bà ta xin lập Dự án Đồi 79 Mùa Xuân thuộc địa bàn xã Thanh Lâm và Đại Thịnh (huyện Mê Linh, Hà Nội) và được UBND tỉnh Vĩnh Phúc chấp thuận. Tuy nhiên, do thấy việc cấp phép đầu tư cho một doanh nghiệp ở miền Nam sẽ gây nhiều khó khăn trong công tác quản lý nhà nước nên UBND tỉnh Vĩnh Phúc yêu cầu Mai thành lập một pháp nhân khác để thay thế Cty Toàn Thắng.
Tháng 4/2004, Phan Thúy Mai thành lập Cty CP Đầu tư và Du lịch An Phát (Công ty An Phát) với 4 cổ đông sáng lập. Trong đó, Mai đăng ký vốn góp 60% cổ phần để được giữ chức Chủ tịch HĐQT, kiêm Giám đốc và là người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp. Sau đó, Công ty An Phát được tỉnh Vĩnh Phúc ra quyết định thay thế Công ty Toàn Thắng làm chủ đầu tư Dự án Đồi 79 Mùa Xuân.
Tài liệu điều tra thể hiện, trong Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh lần 1, Công ty An Phát có vốn điều lệ 30 tỷ đồng, trong đó Phan Thúy Mai góp 19,8 tỷ đồng (60% cổ phần). Dù đăng ký tỷ lệ vốn góp rất lớn ở Cty An Phát nhưng theo điều tra của CQĐT thì toàn bộ vốn góp của Mai đều là “ảo”. Thậm chí, theo kết quả kiểm toán, tính đến thời điểm bị truy tố, số vốn góp của Mai ở Công ty An Phát còn âm gần 3 tỷ đồng.
Theo cáo trạng, quá trình thực hiện Dự án Đồi 79 Mùa Xuân, năm 2007, Công ty An Phát được tỉnh Vĩnh Phúc giao cho gần 983.000m2 đất, trong đó có 162.897m2 dùng để xây biệt thự, nhà vườn. Năm 2008, tỉnh Vĩnh Phúc cấp cho Công ty An Phát 194 Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất (sổ đỏ), tương ứng diện tích đất được giao. Trong số hàng trăm sổ đỏ nêu trên, Công ty An Phát có 2 nền đất biệt thự BT10-08 (hơn 5.000m2) và BT10-10 (hơn 1.500m2), đều thuộc xã Thanh Lâm, huyện Mê Linh. Tuy nhiên khi vừa nhận được sổ đỏ trong tay, Mai lập tức làm giả biên bản họp HĐQT Công ty An Phát với nội dung đồng ý bán cho chình mình 2 nền đất biệt thự nêu trên.
Tài liệu truy tố xác định, Phan Thúy Mai đã lợi dụng chức danh Giám đốc, Chủ tịch HĐQT công ty, lợi dụng việc các cổ đông giao quản lý tài sản và bằng các hành vi gian dối đã tự ý chuyển nhượng quyền sử dụng đất từ sở hữu chung sang sở hữu cá nhân. Việc làm này của Mai là trái với Điều lệ công ty cũng như Luật Doanh nghiệp. Bên cạnh đó, cơ quan chức năng còn xác định Phan Thúy Mai không chỉ tự ý áp giá chuyển nhượng đất rẻ hơn rất nhiều so với giá trị thực mà còn không trả tiền cho Công ty An Phát. Mãi đến năm 2010, khi bị các cổ đông tố cáo đến các cơ quan pháp luật thì Mai mới nộp hơn 9,8 tỉ đồng vào Công ty An Phát để thanh toán tiền mua 2 nền đất biệt thự.
Trong khi đó, theo định giá tài sản thì 2 nền đất biệt thự mà Phan Thúy Mai chiếm đoạt của các cổ đông ở Công ty An Phát giá trị hơn 30,5 tỷ đồng. Sau khi tự ý sang nhượng các tài sản trên cho mình, Mai mang hai mảnh đất trên thế chấp ngân hàng để vay hàng chục tỷ đồng chi tiêu cá nhân.
Ngoài việc chiếm đoạt 2 nền đất biệt thự ở vụ án này, Mai còn bị CQĐT làm rõ việc tự ý dùng hàng chục sổ đỏ của Công ty An Phát làm vật bảo đảm cho khoản vay gần 90 tỷ đồng ở Ngân hàng TMCP Đông Á. Hiện khoản vay này đã mất khả năng thanh toán.
Quá trình điều tra, cơ quan công an còn phát hiện ra một tình tiết hết sức “bi hài” là hai mảnh đất bà Mai chiếm đoạt của Công ty An Phát thuộc địa bàn xã Thanh Lâm nhưng lại được UBND xã Đại Thịnh ký chứng thực khi chuyển nhượng. Chính vì điều này mà hàng loạt cán bộ liên quan sau đó đều bị kỷ luật thích đáng.
Liên quan tới hành vi chiếm đoạt tài sản của cựu nữ Giám đốc Công ty An Phát, mới đây, Cơ quan điều tra đã khởi tố một vụ án “Vi phạm quy định về cho vay trong hoạt động của tổ chức tín dụng” xảy ra tại một ngân hàng. Trong đó, Mai được xác định là đã dùng 124 sổ đỏ của Công ty An Phát ký hàng chục hợp đồng bất hợp pháp để vay 943 tỷ đồng của tổ chức tín dụng này phục vụ mục đích cá nhân.
