Kết luận này đã gây ra các ý kiến khác nhau và gây bức xúc cho nhiều doanh nghiệp, họ kêu oan nhưng hầu như chưa được ai quan tâm giải quyết. Cụ thể trong kết luận Thanh tra có đoạn như sau: “Tại tờ trình số 2396/TTR-LN-STC ngày 22/7/2008 của liên ngành về tính tiền sử dụng đất theo phương pháp thặng dư, khi xác định chi phí phát triển của dự án, liên ngành đã đưa khoản chi phí dự phòng không đúng với quy định tại Thông tư số 145/2007/TT-BTC ngày 06/12/2007 của Bộ Tài Chính, gây thất thu ngân sách Nhà nước. Trách nhiệm thuộc về thường trực UBND TP, Sở tài chính, Chủ đầu tư”.
Đoạn kết luận này được lặp lại với nhiều dư án, ví dụ như:
Dự án số 21 trong kết luận – Dự án đầu tư xây dựng cụm công trình hỗn hợp chung cư kết hợp văn phòng dịch vụ trên lô đất NO5 khu đô thị Đông Nam đường Trần Duy Hưng.
Dự án số 22 trong kết luận – Dự án đầu tư xây dựng tổ hợp văn phòng, thương mại, khách sạn và nhà ở tại phường Trung hòa Cầu giấy và phường Mễ trì Nam Từ Liêm, Hà Nội.
Dự án số 23 trong kết luận – Dự án khu chức năng đô thị Tây Mỗ, quận Nam từ Liêm.
Dự án số 24 trong kết luận – Dự án khu nhà ở Đại mỗ xã Đại Mỗ, quận Nam Từ Liêm.
Dự án số 25 trong kết luận – Dự án khu chức năng đô thị Xuân Phương.
Dự án số 26 trong kết luận – Dự án khu nhà ở số 628 đường Hoàng Hoa Thám... và nhiều dự án khác cũng kết luận tương tự nhưng chỉ khác ngày tháng trong tờ trình của liên ngành về tính tiền sử dụng đất.
Kết luận Thanh tra đã viện dẫn Thông tư 145/2007/TT-BTC ngày 06/12/2007 của Bộ Tài chính để cho rằng việc liên ngành tính tiền sử dụng đất theo phương pháp thặng dư khi xác định phát triển dự án là không đúng với quyết định của thông tư này, vấn đề này được giải thích như sau: Tại mục 4 – Phương pháp thặng dư (trang 7 của thông tư) mục c – bước 3: Ước tính tổng chi phí phát triển có quy định “Việc ước tính tổng chi phí phát triển phải được xác định trên cơ sở đơn giá, xuất vốn đầu tư, những định mức theo hướng dẫn hoặc theo quy định của cơ quan nhà nước có thẩm quyền”.
Cơ quan có thẩm quyền ở đây phải căn cứ vào Nghị định số 112/2009/NĐ-CP ngày 14/12/2009 của Chính phủ về quản lý chi phí đầu tư xây dựng công trình; hoặc Nghị định số 32/2015/NĐ-CP ngày 25/3/2015 của Chính phủ về quản lý chi phí đầu tư xây dựng thay thế Nghị định112/2009/NĐ-CP ngày 14/12/2009. Trong các Nghị định này quy định về nội dung tổng mức đầu tư xây dựng công trình, hoặc tổng mức đầu tư toàn bộ dự án. Ngoài các chi phí đã quy định trong Nghị định đều được xác định thêm chi phí dự phòng.
Tại mục G khoản 4 điều 4 Nghị định số 32/2015/NĐ-CP ngày 25/3/2015 quy định: “Chi phí dự phòng bao gồm chi phí dự phòng cho khối lượng công việc phát sinh và chi phí dự phòng cho yếu tố trượt giá trong thời gian thực hiện dự án”.
Cũng tại mục A khoản 2 điều 5 Nghị định 32/2015/NĐ-CP ngày 25/3/2015 quy định: “Chi phí dự phòng cho công việc phát sinh được xác định bằng tỷ lệ % của tổng thành phần chi phí đã xác định nêu trên. Chi phí dự phòng cho yếu tố trượt giá được xác định trên cơ sở độ dài thời gian thực hiện dự án, kế hoạch bố trí vốn và chỉ số giá xây dựng hàng năm phù hợp với loại công trình xây dựng có tính đến các khả năng biến động giá trong nước và quốc tế”.
Mặt khác ngày 31/12/2008 Bộ Tài chính ban hành quyết định số 129/2008/QĐ-BTC “Về việc ban hành 6 tiêu chuẩn thẩm định giá (đợt 3)”. Tại điều 1 quy định : “Tiêu chuẩn số 10: TĐGVN 10 - phương pháp thặng dư”. Tại mục 7 của tiêu chuẩn số 10 phương pháp thặng dư quy định tổng chi phí đầu tư để tạo doanh thu phát triển của dự án được quy định về chi phí dự phòng”.
Như vậy việc đưa chi phí dự phòng trong việc tính tiền sử dụng đất theo phương pháp thặng dư là có cơ sở pháp luật. Kết luận cần được xem lại để đảm bảo việc áp dụng pháp luật chuẩn xác không gây ảnh hưởng đến danh dự của Liên ngành, tiền bạc của Chủ đầu tư đã nêu trong kết luận.
