Theo quyết định của UBND tỉnh Sơn La, khu vực lập quy hoạch phân khu Khu bảo tồn hệ sinh thái nông nghiệp đặc trưng huyện Mộc Châu nằm ở phía Đông Nam huyện Mộc Châu (thuộc địa giới hành chính thị trấn Nông Trường), phía Đông giáp ranh giới quy hoạch Khu trung tâm du lịch trọng điểm, khu du lịch quốc gia Mộc Châu; phía Tây giáp ranh giới với quy hoạch các khu chức năng thuộc Quy hoạch chung đô thị Mộc Châu; phía Nam giáp dãy núi cao thuộc bản Pá Phách, huyện Mộc Châu; phía Bắc giáp khu núi cao.
Việc quy hoạch Khu bảo tồn hệ sinh thái nông nghiệp đặc trưng huyện Mộc Châu nhằm bảo tồn và phát huy giá trị hệ sinh thái nông nghiệp đặc trưng của khu vực đồi chè, đồng cỏ trong đô thị du lịch Mộc Châu, phát triển vùng nguyên liệu gắn với phát triển du lịch sinh thái.
Về tính chất, đây là khu du lịch nông trại cửa ngõ của Mộc Châu với kiến trúc cảnh quan và công nghệ thân thiện với môi trường, sinh thái, hình thành điểm du lịch nông trại trải nghiệm hấp dẫn; là khu công nghiệp sản xuất, chế biến gắn với phát triển du lịch và dịch vụ.
Đối với quy hoạch sử dụng đất, dự án sẽ cải tạo chỉnh trang các khu ở trong khu vực quy hoạch kết hợp với loại hình dịch vụ homestay; quy hoạch các công trình công cộng như trung tâm tổ chức sự kiện, bảo tàng Trà, chợ văn hóa Tây Bắc; quy hoạch mới các khu dịch vụ du lịch như khu hội chợ ẩm thực, trung tâm thương mại dịch vụ du lịch sữa Mộc Châu trên đường QL6,…
Đồng thời, dự án sẽ xây dựng quảng trường sinh thái gắn với không gian xanh, quy mô khoảng 1,2 ha trên đường QL6; khu vực biểu tượng trung tâm chè Mộc Châu tại khu vực ngã 4 Tiền Tiến - Vườn Đào (đường QL6 giao với đường Lò Văn Giá), khu vực đồi hoa giáp với Trung tâm thương mại dịch vụ sữa Mộc Châu và một số vườn hoa, khu vực cây xanh nhỏ.
Theo đó, trục không gian du lịch chính là tuyến QL.6 qua khu vực quy hoạch, gồm các công trình chính: Trung tâm thương mại dịch vụ du lịch sữa Mộc Châu, quảng trường, trung tâm nông sản Mộc Châu..., đây cũng là điểm nhấn về không gian kiến trúc cảnh quan trên trục QL6 đi qua khu bảo tồn.
Trước đó, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành quyết định phê duyệt Nhiệm vụ quy hoạch chung xây dựng Khu du lịch quốc gia Mộc Châu, tỉnh Sơn La đến năm 2030. Theo quyết định, phạm vi nghiên cứu quy hoạch xây dựng Khu du lịch quốc gia Mộc Châu nằm trên địa bàn 2 huyện Mộc Châu và Vân Hồ có tổng diện tích tự nhiên là 206.150 ha.
Phạm vi nghiên cứu quy hoạch chung xây dựng trung tâm du lịch trọng điểm gồm 3 khu: Trung tâm nghỉ dưỡng Mộc Châu; trung tâm du lịch sinh thái Mộc Châu; trung tâm vui chơi giải trí Mộc Châu với quy mô khoảng 1.500 ha.