Khu vực bến cảng Bắc Vân Phong có thể đón tàu container trọng tải đến 24.000 TEU (250.000 tấn), tàu tổng hợp trọng tải đến 100.000 tấn hoặc lớn hơn khi đủ điều kiện; tàu khách quốc tế đến 225.000 GT (1 GT bằng 1,5 tấn).
Khu bến cảng Nam Vân Phong phục vụ trực tiếp khu kinh tế Vân Phong và tiếp chuyển hàng lỏng/khí, hàng rời; có bến tổng hợp, hàng rời, hàng lỏng/khí.
Theo đó, khu vực này có thể đón tàu tổng hợp trọng tải đến 100.000 tấn, tàu hàng rời trọng tải đến 300.000 tấn, tàu hàng lỏng/khí trọng tải đến 150.000 tấn.
Tại TP Nha Trang, khu bến cảng được quy hoạch là bến khách quốc tế và các bến du thuyền, là đầu mối du lịch biển quốc tế (phát triển phù hợp với nhu cầu và bảo đảm phát huy giá trị vịnh Nha Trang). Khu vực này có thể đón tàu khách đến 225.000 GT và tàu du lịch biển, du thuyền.
Khu bến Cam Ranh sẽ quy hoạch cảng biển phục vụ phát triển kinh tế - xã hội tỉnh Khánh Hòa và khu vực Tây nguyên; có bến tổng hợp, container, hàng rời, hàng lỏng khí, bến khách và các bến phục vụ quốc phòng - an ninh. Khu vực này có thể đón tàu tổng hợp, container, hàng rời trọng tải đến 70.000 tấn; tàu hàng lỏng/khí trọng tải đến 10.000 tấn; tàu khách quốc tế đến 225.000 GT và tàu du lịch biển, du thuyền.
Ngoài ra, bến cảng huyện đảo Trường Sa là nơi kết nối giữa đất liền và các đảo thuộc huyện đảo Trường Sa, có vai trò phục vụ phát triển kinh tế - xã hội huyện đảo kết hợp thực hiện nhiệm vụ quốc phòng - an ninh.