Trước đó, tại Kết luận thanh tra 2810/KL-TTCP ngày 9/11/2017, TTCP kết luận: Hội đồng thành viên và TGĐ TKV ban hành các cơ chế quản lý hoạt động sản xuất kinh doanh chưa phù hợp thực tế và quy định. Trong quá trình hoạt động sản xuất kinh doanh, TKV chưa chấp hành nghiêm các quy định pháp luật, phát sinh nhiều chi phí bất hợp lý, tăng giá thành sản xuất, giảm lợi nhuận, thất thu ngân sách nhà nước.
TTCP kết luận TKV đã tính toán, nghiệm thu, thanh toán khối lượng vận chuyển đất, đá, nổ mìn thiếu cơ sở pháp lý, làm tăng đơn giá, chi phí với khối lượng vận chuyển đất đá tại các mỏ khai thác lộ thiên hơn 4.597 tỷ. Trong đó, kiến nghị xử lý loại ra khỏi chi phí sản xuất kinh doanh là hơn 754,6 tỷ đồng truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp; nghiệm thu thanh toán khối lượng thuê ngoài vận chuyển đất đá tại Cty CP than Đèo Nai và Cty CP than Cao Sơn vi phạm quy định về sử dụng đăng kiểm trọng tải xe, với tổng khối lượng hơn 43,4 triệu m3 trị giá 347,6 tỷ đồng.
TTCP kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo Bộ Công an tiếp nhận hồ sơ của TTCP sớm xem xét, điều tra xử lý trách nhiệm với một số vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật, trong đó có vụ sai phạm tại Cty Đèo Nai và Cao Sơn.
Trên cơ sở đề xuất của TTCP, đầu năm 2018, VPCP có thông báo truyền đạt ý kiến của Phó Thủ tướng Trương Hòa Bình, trong đó có nội dung: Về 14 trường hợp TTCP kiến nghị chuyển CQĐT, TTCP chủ trì, phối hợp CQĐT thuộc Bộ Công an, VKSND Tối cao rà soát kỹ để thống nhất biện pháp xử lý.
Phó Thủ tướng cũng chỉ đạo Bộ Công Thương phối hợp Bộ Xây dựng, TTCP, thống nhất phương pháp tính toán, nghiệm thu, thanh toán khối lượng vận chuyển đất, đá và ban hành văn bản chính thức quy định, hướng dẫn cụ thể các hệ số để áp dụng trong việc nghiệm thu, thanh toán khối lượng vận chuyển đất, đá tại các mỏ khai thác lộ thiên nói trên để khắc phục những tồn tại, bất cập.
Tuy nhiên, phải sau hơn 2 năm từ khi có chỉ đạo, ngày 17/7/2020, Bộ Công Thương mới có Văn bản 5199/BCT-DKT báo cáo kết quả thực hiện chỉ đạo của lãnh đạo Chính phủ. Bộ Công Thương không nhất trí với phương pháp tính toán khối lượng vận chuyển đất, đá mà TTCP đưa ra trong trong Kết luận 2810/KL-TTCP.
Bộ này đề nghị Thủ tướng “xem xét, giao TKV rà soát, tổng hợp tài liệu liên quan và tính toán, xác định chính xác” giá trị thể trọng đất đá đã sử dụng trong nghiệm thu, thanh toán khối lượng vận chuyển đất đá tại các mỏ Đèo Nai, Cao Sơn, Cọc Sáu trong thời kỳ thanh tra. Trên cơ sở đó, đề xuất xử lý đối với khoản tiền chênh lệch (nếu có) về khối lượng nghiệm thu, thanh toán trong vận chuyển đất đá tại các mỏ khai thác lộ thiên, báo cáo TTCP để báo cáo Thủ tướng xem xét, quyết định.
“Chỉ đạo các cơ quan liên quan đến hoạt động đăng kiểm xe cơ giới rà soát, kiểm tra để làm rõ nguyên nhân dẫn đến có sự chênh lệch giữa tải trọng xe theo đăng kiểm với tải trọng xe theo hồ sơ kỹ thuật (với các xe TKV thuê ngoài để vận chuyển đất đá), báo cáo Thủ tướng xem xét, quyết định. Căn cứ ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng về vấn đề này, TKV đề xuất xử lý với khoản tiền chênh lệch (nếu có) trong việc nghiệm thu, thanh toán khối lượng vận chuyển đất đá đối với các xe TKV thuê ngoài theo quy định”, Bộ Công Thương đề xuất.
Trước khi có văn bản chính thức đề xuất các nội dung trên, trong bản Dự thảo Bộ Công Thương gửi một số cơ quan, có nội dung đề xuất Thủ tướng giao TTCP chủ trì, phối hợp với các bộ, ngành liên quan và TKV… xem xét, đánh giá lại khoản tiền chênh lệch hơn 4.945 tỷ.
Sau đó TTCP có ý kiến phản hồi là đề xuất của Bộ Công Thương là chưa đúng với ý kiến chỉ đạo của lãnh đạo Chính phủ. Sau đó, Bộ Công Thương điều chỉnh nội dung sang cho TKV rà soát, tổng hợp, tính toán và xác định lại khoản tiền chênh lệch như đề cập ở trên.
