Kết quả thanh tra cho thấy, Bộ Công Thương cơ bản đã kịp thời sửa đổi các quy định trong chính sách tạm nhập, tái xuất nhất là đối với các nhóm khách hàng kinh doanh có điều kiện, đã từng bước hạn chế được tình trạng cạnh tranh không lành mạnh, tranh giành khách hàng, hạ thấp giá thành dịch vụ gây ảnh hưởng đến môi trường kinh doanh, hạn chế các đơn vị không có năng lực nhưng vẫn kinh doanh. Tuy nhiên, việc ban hành một số thông tư còn chưa chặt chẽ, chưa phù hợp với thực tế và chưa đủ cơ sở khoa học.
Bộ Công Thương chưa thực hiện tốt việc “chỉ đạo, hướng dẫn, kiểm tra và tổ chức thực hiện các văn bản chức năng thuộc Bộ” như việc thiếu trách nhiệm trong kiểm tra, giám sát kết quả báo cáo quản lý tạm nhập, tái xuất theo quy định. Bộ Công Thương cũng chưa kiên quyết trong kiểm tra, xử lý việc địa phương ban hành văn bản không đúng với quy định, còn để vi phạm quy định của pháp luật, chưa kịp thời kiến nghị cấp có thẩm quyền tăng mạnh chế tài xử lý vi phạm hành chính trong hoạt động kinh doanh tạm nhập tái xuất nói chung và việc thu hồi mã số kinh doanh nói riêng theo các mức độ.
Thanh tra Chính phủ chỉ ra rằng, để tồn tại các bất cập trên đã làm giảm hiệu lực quản lý nhà nước, ảnh hưởng đến mục tiêu “khắc phục những hạn chế của hoạt động tạm nhập tái xuất”.
Thanh tra Chính phủ cũng kết luận nhiều tồn tại, bất cập trong quản lý hàng tạm nhập tái xuất xảy ra thời gian qua thuộc về tập thể, cá nhân được giao xây dựng thông tư hướng dẫn cũng như các cá nhân được giao nhiệm vụ liên quan đã chưa thực hiện tốt nhiệm vụ tham mưu giúp Bộ trưởng Bộ Công Thương, lãnh đạo Cục Xuất nhập khẩu trong việc quản lý chặt chẽ hàng tạm nhập tái xuất dẫn đến việc nhiều DN trốn thuế, buôn lậu, gây thiệt hại cho ngân sách nhà nước.
