Theo đó, TTCP cho rằng ưu điểm của đơn vị này là qua thanh tra chưa phát hiện thất thoát tài sản công, ngân sách. Các dự án đầu tư xây dựng cơ bản của Viện thực hiện đúng quy định, đảm bảo quy hoạch, nguồn vốn được phân bổ đúng nguyên tắc…
Tuy nhiên, Viện vẫn còn một số thiếu sót, điển hình là không giao chỉ tiêu tiết kiệm 10% chi thường xuyên để tạo lập nguồn cải cách tiền lương; phê duyệt kế hoạch đấu thầu không nêu rõ nguồn vốn hoặc phương thức thu xếp vốn thanh toán cho nhà thầu; phân chia gói thầu không hợp lý.
Kết luận thanh tra cho thấy, quá trình quản lý tài chính, tài sản nhà nước tại viện hàn lâm và 8 đơn vị trực thuộc có nhiều hạn chế, thiếu sót. Về công tác giao dự toán thu-chi, Viện Hàn lâm có những sai phạm: Chưa giao đầy đủ dự toán thu sự nghiệp cho các đơn vị trực thuộc theo quy định; không giao chỉ tiêu tiết kiệm 10% chi thường xuyên để tạo lập nguồn cải cách tiền lương… Về công tác thẩm định, phê duyệt dự án đầu tư, Viện Hàn lâm đã phê duyệt quy mô công trình dự án “Cơ sở nghiên cứu Viện Sinh học Tây Nguyên” chưa phù hợp thực tiễn, phê duyệt điều chỉnh quy mô dự án “Cơ sở nghiên cứu, triển khai Viện Khoa học vật liệu ứng dụng” khi chưa được thẩm định…
Đặc biệt, Viện Hàn Lâm chọn chủ đầu tư không có chức năng, chuyên môn và không có đủ cán bộ có năng lực quản lý dự án đầu tư xây dựng trực tiếp quản lý dự án; để viện nghiên cứu hệ gen tự thực hiện công tác lập dự án dù không đủ tư cách pháp nhân… Về quản lý tài sản, khi tiến hành điều chuyển tài sản từ các đơn vị trực thuộc, Viện Hàn lâm chưa thực hiện đúng quy định về Luật Quản lý và sử dụng tài sản nhà nước.
Đối với 8 đơn vị trực thuộc Viện Hàn lâm, các đơn vị này thu các khoản phí, lệ phí, học phí phát sinh tại đơn vị không nộp kho bạc nhà nước; lập, phê duyệt dự toán chi phí quản lý dự án hằng năm chậm dẫn đến nhiều khoản chi không đúng quy định; thanh toán nhiều khoản tiền chưa đúng quy định… Thanh tra Chính phủ cũng chỉ ra một số dự án có sai sót làm tăng chi phí hàng trăm triệu đồng. Điển hình là việc phê duyệt tổng mức đầu tư điều chỉnh dự án “Cơ sở nghiên cứu Viện Kỹ thuật nhiệt đới” có sai sót trong áp dụng cơ chế chính sách nhà nước làm tăng chi phí xây dựng hơn 700 triệu đồng; xác định chi phí thiết kế, lập dự toán dự án “Cơ sở nghiên cứu Viện Sinh học Tây Nguyên” sai phải giảm trừ hơn 20 triệu đồng,…
Nghiêm trọng hơn, tại phần thanh tra công tác thi công và xây lắp, Thanh tra Chính phủ giảm trừ giá trị một số gói thầu của Viện hàn lâm lên tới hơn 3,4 tỉ đồng.
