Cụ thể, thay đổi phương án nhà ga từ hai tầng thành ba tầng làm tăng chi phí xây lắp thêm 84,2 triệu USD. Thay đổi chính về biến động giá, thay đổi chế độ, chính sách cũng như các khối lượng, đơn giá chưa tính chính xác được trong bước thiết kế cơ sở nên dự kiến cần phải bổ sung kinh phí khoảng 95 triệu USD.
Đồng thời, do công tác giải phóng mặt bằng và di dời công trình hạ tầng kỹ thuật gặp nhiều khó khăn, thời gian thực hiện kéo dài dẫn đến tăng chi phí; chi phí xây lắp tăng dẫn đến chi phí thuế giá trị gia tăng, lãi vay, bảo hiểm vốn vay, phí các loại (cho phần vốn dự kiến vay thêm) cũng tăng theo, dự kiến cần phải bổ sung kinh phí khoảng 88,3 triệu USD.
Dự án đường sắt đô thị Cát Linh – Hà Đông được phê duyệt năm 2008 với tổng chiều dài tuyến chính được xây dựng 13 km đi trên cao và 1,7 km đường sắt ra, vào khu Depot. Dự án được Bộ GTVT giao Cục Đường sắt Việt Nam làm chủ đầu tư, tổng mức đầu tư dự án là 8.770 tỷ đồng tương đương 552,86 triệu USD (tính theo mặt bằng giá quý I/2008).
