Tuy nhiên, Luật HGƠCS và các văn bản hướng dẫn thi hành vẫn còn một số quy định gây ra không ít vướng mắc trong khi triển khai. Cụ thể, Luật chưa quy định nguồn kinh phí để chi cho công tác hòa giải vì vậy việc bố trí kinh phí cho công tác này còn gặp nhiều khó khăn.
Thực tế ở một số địa phương, chỉ những đơn vị xã, phường, thị trấn nào có nhiều nguồn thu trên địa bàn mới có điều kiện để quan tâm đến việc chi cho kinh phí hoạt động HGƠCS. Các kinh phí khác dành cho việc kiện toàn tổ chức, bồi dưỡng nghiệp vụ, sơ kết, tổng kết thi đua, khen thưởng còn thấp, khó khăn trong thực hiện thủ tục thanh toán.
Tuy Luật đã có quy định về việc thanh toán kinh phí hòa giải cho từng vụ việc nhưng lại không hướng dẫn cụ thể đó là vụ việc hòa giải thành hay không thành. Điều này dẫn đến tình trạng nhiều vụ việc hòa giải không thành nhưng lại mất nhiều thời gian, công sức mà không được thanh toán, dễ gây nên tâm lý e ngại, chán nản cho các hòa giải viên (HGV).
Ngoài ra, vấn đề về giá trị pháp lý của kết quả hòa giải cũng chưa được quy định cụ thể nên có những trường hợp sau khi hòa giải thành, các bên không thực hiện những nội dung đã cam kết trong biên bản hòa giải dẫn đến việc giải quyết các khiếu kiện của chính quyền gặp khó khăn.
Do Luật không có quy định cụ thể về số lượng hộ dân để thành lập tổ hòa giải nên việc thực hiện không được thống nhất, khiến số lượng tổ hòa giải và HGV phân bố không đều trên địa bàn dân cư. Không những vậy, tại khoản 1 Điều 12 của Luật HGƠCS có quy định: “Tổ hòa giải có tổ trưởng và các HGV. Mỗi tổ hòa giải có từ 3 HGV trở lên, trong đó có HGV là nữ…”.
Quy định như vậy sẽ gây ra sự thiếu linh hoạt trong công tác kiện toàn tổ hòa giải vì trên thực tế có những địa phương mời được người tham gia tổ hòa giải đã khó mà bắt buộc trong tổ phải có hòa giải viên là nữ sẽ lại càng khó. Mặt khác, thành viên tổ hòa giải là do dân bầu nên nếu không tín nhiệm ứng cử viên là nữ thì họ sẽ không lựa chọn.
Để có thể trở thành HGV, bên cạnh điều kiện “có uy tín trong cộng đồng dân cư, có khả năng thuyết phục, vận động nhân dân” còn đòi hỏi phải có trình độ hiểu biết pháp luật một cách sâu rộng, tổng quát. Trong khi đó, hệ thống pháp luật Việt Nam hiện nay khá đồ sộ, nhiều văn bản còn chồng chéo, chưa có hướng dẫn thi hành cụ thể cho các HGV nên vẫn còn nhiều lúng túng trong công tác bồi dưỡng, nâng cao trình độ cho đội ngũ này.
