Khoản 3 Điều 1 Luật 106/2016/QH13 “Cơ sở kinh doanh (KD) nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng hoặc trong quý thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo; Trường hợp cơ sở KD đã đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư (ĐT) mới, đang trong giai đoạn ĐT có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho ĐT mà chưa được khấu trừ và có số thuế còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT”.
Công văn hướng dẫn: Cơ sở kinh doanh (KD) không được hoàn thuế GTGT mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án ĐT theo quy định của pháp luật về ĐT sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp: i) Dự án ĐT của cơ sở KD không góp đủ số vốn Điều lệ như đã đăng ký; KD ngành, nghề ĐT KD có Điều kiện khi chưa đủ các điều kiện KD theo quy định của Luật ĐT hoặc không bảo đảm duy trì đủ điều kiện KD trong quá trình hoạt động; ii) Dự án ĐT khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 1/7/2016 hoặc dự án ĐT sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án ĐT.
- Khoản 6 Điều 1 Nghị định 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ cũng quy định cụ thể về hoàn thuế GTGT đối với cơ sở KD: “Cơ sở KD mới thành lập từ dự án ĐT đã đăng ký KD, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn ĐT, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian ĐT từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho ĐT theo từng năm. Trường hợp, nếu số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho ĐT từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT”
Công văn hướng dẫn: Cơ sở KD không được hoàn thuế GTGT mà được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án ĐT theo pháp luật về ĐT sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp: i) Dự án ĐT của cơ sở KD ngành, nghề ĐT KD có điều kiện khi chưa đủ các điều kiện KD theo quy định của Luật ĐT, điểm a khoản 1 Điều 13 Luật thuế GTGT đã được sửa đổi, bổ sung tại Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT, Luật Thuế TTĐB và Luật Quản lý thuế là dự án ĐT của cơ sở KD ngành, nghề ĐT KD có điều kiện nhưng Cơ sở KD chưa được cấp giấy phép KD ngành, nghề ĐT KD có điều kiện; Chưa được cấp giấy chứng nhận đủ điều kiện KD ngành, nghề ĐT KD có điều kiện; Chưa có văn bản của cơ quan nhà nước có thẩm quyền cho phép ĐT KD ngành, nghề ĐT KD có điều kiện; Hoặc chưa đáp ứng được điều kiện để thực hiện ĐT KD có điều kiện mà không cần phải có xác nhận, chấp thuận dưới hình thức văn bản theo quy định của pháp luật về ĐT; ii) Dự án ĐT khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 1/7/2016 hoặc dự án ĐT sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án ĐT.
- Về hoàn thuế GTGT đối với dự án ĐT, khoản 3 Điều 1 Thông tư 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính hướng dẫn: “Cơ sở KD mới thành lập từ dự án ĐT đã đăng ký KD, đăng ký nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ, hoặc dự án tìm kiếm thăm dò và phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn ĐT, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian ĐT từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho ĐT theo từng năm, trừ trường hợp hướng dẫn tại Điểm c Khoản 3 Điều này; Trường hợp, số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho ĐT từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT”.
Công văn hướng dẫn: Cơ sở KD sẽ không được hoàn thuế GTGT và được kết chuyển số thuế chưa được khấu trừ của dự án ĐT theo pháp luật về ĐT sang kỳ tiếp theo đối với các trường hợp: i) Dự án ĐT của cơ sở KD không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Các hồ sơ đề nghị hoàn thuế dự án ĐT nộp từ ngày 01/7/2016 của cơ sở KD nhưng tính đến ngày nộp hồ sơ không góp đủ số vốn điều lệ như đăng ký theo quy định của pháp luật thì không được hoàn thuế; ii) Dự án ĐT khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án ĐT SX sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án ĐT.
Công văn của Tổng cục Thuế cũng hướng dẫn cụ thể vệc xác định tài nguyên, khoáng sản; trị giá, thời điểm xác định trị giá tài nguyên, khoáng sản và chi phí năng lượng trên cơ sở hướng dẫn tại khoản 23 Điều 4 Thông tư 130/2016/TT-BTC ngày 12/8/2016 của Bộ Tài chính. Trong đó lưu ý: Đối với dự án ĐT của DN mới thành lập để sản xuẩn sản phẩm từ tài nguyên, khoáng sản thì Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc TW hướng dẫn xác định trị giá tài nguyên, khoáng sản, chi phí năng lượng và giá thành SX căn cứ vào phương án ĐT; Trường hợp xác định sản phẩm sản xuất từ tài nguyên, khoáng sản có tỷ lệ giá trị tài nguyên, khoáng sản, chi phí năng lượng trên giá thành SX dưới 51% thì xử lý hoàn thuế theo quy định…
