Việc xử phạt VPHC thuộc thẩm quyền của các chức danh luật định (gồm 14 loại cơ quan và 183 chức danh có thẩm quyền xử phạt VPHC thuộc sự quản lý của nhiều cơ quan khác nhau từ trung ương đến địa phương). Ngoài ra, còn có một lực lượng không nhỏ người có thẩm quyền lập biên bản VPHC quy định trong các nghị định xử phạt VPHC.
Để xử lý tất cả các hành vi vi phạm pháp luật của công chức, viên chức trong thi hành công vụ, Luật Cán bộ, công chức, Luật Viên chức và các văn bản quy phạm pháp luật liên quan đã có những quy định chung mang tính chất khung. Tuy nhiên, trong lĩnh vực XLVPHC, hiện chưa có quy định từng hành vi vi phạm của cán bộ thì bị xử lý thế nào. Do đó, có thể dẫn đến tình trạng cùng một hành vi vi phạm của cán bộ trong THPL về XLVPHC nhưng mỗi cơ quan, đơn vị, mỗi địa phương áp dụng một chế tài xử lý khác nhau như có nơi áp dụng chế tài cảnh cáo, có nơi áp dụng chế tài khiển trách…
Ngoài ra, thực tiễn kiểm tra công tác THPL về XLVPHC trong 5 năm vừa qua cho thấy, các bộ, ngành, địa phương còn rất lúng túng, thiếu thống nhất trong quá trình triển khai, thực hiện. Các cơ quan tiến hành việc kiểm tra cũng như đối tượng được kiểm tra tỏ ra lúng túng, không biết trách nhiệm của mình phải làm gì, đến đâu; các công việc liên quan đến sau kiểm tra là gì, có phải theo dõi, giám sát, đôn đốc việc thực hiện kết luận kiểm tra không, việc theo dõi, giám sát, đôn đốc việc thực hiện kết luận kiểm tra được thực hiện như thế nào?
Thời gian qua, Bộ Tư pháp đã phải xử lý theo thẩm quyền một số vụ việc liên quan đến người có thẩm quyền xử lý vụ việc VPHC thực hiện việc xử phạt VPHC không chính xác gây ảnh hưởng trực tiếp đến quyền và lợi ích của công dân, doanh nghiệp. Đặc biệt là một số vụ việc gây bức xúc trong dư luận như “xử phạt VPHC bà Nguyễn Thị Ánh Ngọc, Đồng Nai”; vụ việc “quán cà phê Xin chào, TP HCM”…
Bởi thế, Bộ Tư pháp đã xây dựng Nghị định kiểm tra, xử lý kỷ luật trong THPL về XLVPHC, trong đó quy định cụ thể hành vi vi phạm nào bị áp vào chế tài xử lý kỷ luật nào và đang tổ chức lấy ý kiến góp ý với mong muốn tạo nên sự thống nhất, minh bạch trong áp dụng pháp luật.
