Tuy nhiên, theo Phó Cục trưởng Cục Quản lý khám chữa bệnh Nguyễn Trọng Khoa, qua thực tiễn đánh giá chất lượng các bệnh viện những năm qua cho thấy có một số Sở Y tế thực hiện đánh giá chưa đạt đúng tiêu chí. Đánh giá chất lượng bệnh viện chỉ trong một buổi thì không thể đánh giá một cách nghiêm túc, khách quan hết 83 tiêu chí. Đặc biệt, vẫn còn tâm lý nể nang khi đánh giá, làm mất đi ý nghĩa của công tác đánh giá chất lượng.
Có 4 lỗi mà các bệnh viện có thể gặp phải khi tự kiểm tra đánh giá gồm: bệnh viện che giấu sai phạm; bệnh viện chưa thực hiện công việc hoặc không có sản phẩm, bằng chứng đã nêu trong các tiêu chí; bệnh viện hoặc đoàn đánh giá chưa nghiên cứu đầy đủ hoặc chưa tìm hiểu cặn kẽ yêu cầu của tiêu chí nhưng vẫn chấm là đạt; nhập số liệu bị thiếu, sai hoặc nhầm đơn vị.