Ông Thăng bị VKS truy tố theo khoản 3, Điều 165 với khung hình phạt cao nhất tới 20 năm tù. Cho rằng ông Thăng đã thừa nhận sai phạm, từng nhiều thành tích trong công tác nên VKS đề nghị cơ quan xét xử xem xét giảm nhẹ hình phạt.
Cùng vụ án này, bị truy tố về các tội Cố ý làm trái quy định của Nhà nước về quản lý kinh tế gây hậu quả nghiêm trọng và Tham ô tài sản (điều 278), còn có ông Trịnh Xuân Thanh và 20 bị can khác.
Theo cáo buộc, với ý định xây dựng Tổng công ty cổ phần xây lắp Dầu khí Việt Nam (PVC trở thành đơn vị xây lắp chuyên ngành dầu khí hàng đầu Việt Nam, tháng 12/2007, ông Thăng đưa ông Thanh từ Tổng công ty Sông Hồng về làm Tổng giám đốc PVC, sau là chủ tịch HĐQT kiêm Tổng giám đốc.
Ông Thăng đồng thời tạo nhiều điều kiện thuận lợi cho PVC hoạt động như bố trí việc làm, tạo nguồn vốn…, kể cả việc chấp thuận miễn bảo lãnh thực hiện hợp đồng và bảo lãnh tiền tạm ứng đối với các công trình/dự án được tập đoàn chỉ định cho PVC thực hiện.
Chưa có đánh giá về năng lực, kinh nghiệm của PVC, chưa làm các thủ tục liên quan đến việc lựa chọn nhà thầu, ngày 18/6/2010, ông Thăng đã thay mặt HĐQT PVN ký Nghị quyết đồng ý chủ trương giao PVC thực hiện gói thầu EPC dự án Nhiệt điện Thái Bình 2 theo hình thức chỉ định thầu.
Trong quá trình thực hiện dự án Nhà máy nhiệt điện Thái Bình 2, ông Thăng đã chỉ định PVC thực hiện gói thầu EPC của dự án và chỉ đạo các cá nhân, đơn vị cấp dưới thực hiện việc ký hợp đồng số 33 trái quy định. Sau đó, ông Thăng chỉ đạo PVN căn cứ hợp đồng này tạm ứng hơn 6.6 triệu USD và hơn 1.300 tỷ đồng cho PVC.
Qua giám định kết luận, PVC không đảm bảo các yêu cầu về kinh nghiệm, năng lực tài chính để thực hiện gói thầu EPC dự án. Việc lựa chọn PVC là nhà thầu EPC là trái quy định theo Luật Đấu thầu.
Theo nhận định của cơ quan điều tra, việc tạm ứng số tiền này là trái với quy định của Nghị định Chính phủ. Hành vi của ông Thăng và các bị can khiến thiệt hại hơn 119 tỷ đồng.... Các bị can trong vụ án hầu hết là những người giữ vị trí chủ chốt trong những đơn vị kinh tế quan trọng, được chính phủ và nhân dân tin tưởng giao quản lý vốn và thực hiện những dự án, công trình lớn của quốc gia. Tuy nhiên, quá trình thực hiện vì những động cơ khác nhau mà các bị can đã cố ý làm trái quy định của Nhà nước, gây thiệt hại đặc biệt lớn.