Trong số 153 trường, có 44 trường mầm non, 53 trường tiểu học, 40 trường trung học cơ sở, 16 trường trung học phổ thông, 1 trung tâm giáo dục nghề nghiệp - giáo dục thường xuyên và 1 trường trực thuộc Sở Giáo dục và Đào tạo.
9 Trường học làm nơi tránh lũ là THCS Thượng Cát - Bắc Từ Liêm; Tiểu học Cổ Nhuế 2B - Bắc Từ Liêm; THCS Xuân Mai B - Chương Mỹ; THCS Thủy Xuân Tiên - Chương Mỹ; Mầm non Trung Giã - Sóc Sơn; Tiểu học Trung Giã B - Sóc Sơn; Mầm non: Thư Phú - Thường Tín; Tiểu học: Thống Nhất - Thường Tín; THCS Ngô Quyền - Sơn Tây.
Với việc tổ chức dạy học theo kế hoạch thời gian năm học, các nhà trường tiếp tục tập trung cao độ cho việc khắc phục hậu quả sau cơn bão số 3. Dù thời tiết đang dần thuận lợi trở lại cho việc dọn dẹp, vệ sinh trường lớp, tại một số trường học không còn bị ngập nước, nhưng vẫn còn tiềm ẩn nhiều nguy cơ không an toàn, vì vậy các nhà trường chưa đón học sinh học tập trực tiếp.
Để bảo đảm kế hoạch thời gian năm học, tùy điều kiện thực tế, có trường duy trì hình thức dạy học trực tiếp kết hợp trực tuyến. Với những học sinh có hoàn cảnh khó khăn, không có thiết bị hoặc không có mạng internet, ở địa bàn bị mất điện, nhà trường cũng đã có phương án hỗ trợ bảo đảm khi trở lại trường có thể học tập theo kế hoạch.
Tại Trường tiểu học Văn Đức, huyện Gia Lâm, bão số 3 đã làm bật gốc cây xà cừ lớn trong sân trường, nhiều biển báo và mái tôn các khu vực nhà để xe của giáo viên cũng bị hư hại, nhà trường cũng bị hỏng toàn bộ mạng lưới dây điện 3 pha.
Do nằm bên lưu vực sông Hồng nên vừa khắc phục xong hậu quả của bão Yagi, Trường tiểu học Văn Đức tiếp tục nhận tin nước lũ tràn về. Ngay lập tức cán bộ giáo viên, nhân viên nhà trường có kế hoạch di chuyển toàn bộ trang thiết bị, các đồ dùng dạy học từ tầng 1 lên tầng 2 để chạy lũ.
Sáng 13/9, ngay sau khi nước rút, toàn thể cán bộ, giáo viên, nhân viên nhà trường đã nhanh chóng có mặt để quét dọn và vệ sinh toàn bộ trường. Chiều cùng ngày, nhà trường tiếp tục dọn dẹp sân và các khu vực trong trường bị ảnh hưởng do lũ để chuẩn bị tốt nhất về cơ sở vật chất đón các em học sinh đến trường.
Thời điểm hiện tại, một số tỉnh thành vẫn cho học sinh nghỉ học do ảnh hưởng sau cơn bão số 3. 3 tỉnh Lào Cai, Yên Bái, Cao Bằng cho học sinh nghỉ học đến hết ngày 14/9. Sau đó, tùy tình hình, các trường đề xuất việc đón học sinh đến học trực tiếp hay không.
Tại Thái Nguyên, Hải Phòng, Bắc Giang vẫn còn nhiều nơi chưa thể cho học sinh đến trường do mưa lớn, ngập lụt, giao thông chia cắt. Những trường này cũng chưa xác định được ngày mở cửa trở lại.
