Theo kết luận điều tra (KLĐT), ngày 4/11/2020, Hậu cùng đoàn bay từ Nhật Bản về Việt Nam trên chuyến bay VN 5301 của Vietnam Airlines (VNA). Sau khi về đến sân bay Tân Sơn Nhất, Hậu được lấy mẫu xét nghiệm Covid-19 và cách ly tại khu cách ly tập trung của VNA. Quá trình cách ly, Hậu tiếp tục được lấy mẫu xét nghiệm và cho kết quả âm tính với Covid-19.
Quá trình cách ly tập trung, Hậu đã tiếp xúc với hai người khác bị nhiễm bệnh. Theo đó, vào khoảng 20h ngày 17/11/2020, Hậu ra khỏi phòng và gặp anh Nguyễn Tăng H. và chị Nguyễn Tuyết N.
Ngày 18/11/2020, Hậu rời khỏi khu cách ly tập trung về cách ly tại địa phương cho tới ngày 28/11/2020. Khi về cách ly tại địa phương, Hậu tiếp tục vi phạm quy định cách ly khi ăn uống cùng bạn và đi học tiếng Anh.
Ngày 28/11/2020, Hậu có kết quả dương tính với Covid-19. Hai ngày sau, Liễu Minh S., Du Gia H. lần lượt dương tính với Covid-19.
Trước khi thực hiện chuyến bay VN5301, Hậu có thực hiện các chuyến bay khác nhưng kết quả âm tính với Covid-19 và cả nước không ai nhiễm Covid-19. Trong quá trình thực hiện chuyến bay, Hậu luôn mặc đồ bảo hộ, toàn bộ chuyến bay không có nhiễm Covid-19. Do đó, có đủ căn cứ xác định Hậu nhiễm Covid-19 trong khu cách ly tập trung của VNA.
Trước khi tiếp xúc với Hậu thì Liễu Minh S. không tiếp xúc với ai nhiễm Covid-19. Vì vậy, xác định Hậu là nguồn lây nhiễm cho S. trong quá trình cách ly tại địa phương.
Quá trình điều tra, Hậu thành khẩn khai báo, ăn năn, hối cải, các F1, F2 của Hậu có đơn đề nghị miễn trách nhiệm hình sự cho bị can.
Tại CQĐT, Hậu khai khi tiếp xúc với Nguyễn Tăng H. và Nguyễn Tuyết N. thì những người này chưa có kết quả dương tính với Covid-19. Đối với việc di chuyển ra khỏi khu vực cách ly tại địa phương, Hậu thừa nhận mình sai nhưng cho rằng do chủ quan mình không nhiễm bệnh. Trạm y tế phường không nhắc nhở nên nghĩ chỉ bị hạn chế ra khỏi khu vực cách ly.
Về thiệt hại trong vụ án, CQĐT xác định thiệt hại vật chất 4,4 tỷ đồng. Ngoài ra, thiệt hại phi vật chất và ảnh hưởng tới hàng ngàn người trên địa bàn TP.
Cụ thể, Sở Y tế xác định thiệt hại từ việc Hậu làm lây lan dịch bệnh ra cộng đồng là gần 2,8 tỉ đồng, bao gồm chi phí xét nghiệm tầm soát các trường hợp F1, F2 của Hậu. Về chi phí đã sử dụng để tiến hành cách ly y tế các trường hợp do tiếp xúc với các bệnh nhân dương tính liên quan trong vụ án, UBND TP và các quận/huyện xác định chi phí chi ra là hơn 1,6 tỉ đồng.
Hậu gây ra thiệt hại phi vật chất là việc cách ly đã ảnh hưởng đến cuộc sống của hơn 2.000 người dân trên địa bàn TP, gồm 861 người cách ly tập trung và 1.400 người cách ly tại nhà.
CQĐT xác định với Trạm trưởng trạm y tế phường 2, quận Tân Bình đã có sai phạm trong việc thực hiện cách ly đối với Hậu làm lây lan Covid-19. Tuy nhiên, sai phạm của người này chưa tới mức xử lý hình sự, nên đề nghị Công an quận Tân Bình xử phạt hành chính theo quy định.
Với Ban quản lý cơ sở cách ly của VNA khu vực phía Nam (BQL), có nhiệm vụ phối hợp với Trung tâm Kiểm soát bệnh tật TP HCM, quận, phường để giám sát, bảo đảm cách ly các đối tượng tham gia cách ly. BQL đã có nhiều thiếu sót trong quá trình tổ chức cách ly, không giám sát chặt chẽ, khiến Nguyễn Tăng H. và Nguyễn Tuyết N. tiếp xúc trực tiếp với Hậu. Tuy nhiên, việc tiếp xúc trên là tự phát, thiếu ý thức cá nhân. Bên cạnh đó, vai trò các thành viên BQL là kiêm nhiệm, không phải lực lượng chuyên trách phòng, chống dịch bệnh, nhân lực làm việc tại khu cách ly tập trung không đủ để quản lý, giám sát đối với từng cá nhân. Do đó, không đủ căn cứ xử lý hình sự đối với các cá nhân có trách nhiệm trong BQL.
Với Nguyễn Tăng H. và Nguyễn Tuyết N. khi tiếp xúc với Hậu chưa có kết quả dương tính với Covid-19. Đồng thời, nội quy cách ly tập trung của VNA chỉ quy định người bị cách ly hạn chế ra khỏi khu vực cách ly và hạn chế trực tiếp tiếp xúc với người khác trong khu cách ly. Do đó, không có căn cứ xử lý hình sự với H. và N.
Đối với Liễu Minh S. đã đến gặp và cùng Hậu rời khỏi nơi cách ly đi ăn uống dù biết Hậu đang phải cách ly tại nơi ở. Tuy nhiên, khi tiếp xúc với Hậu thì S. không biết Hậu nhiễm Covid-19 nên hành vi của S. chưa đủ căn cứ xử lý hình sự.