Theo kết luận này, một số trường hợp chưa đảm bảo tiêu chuẩn về trình độ chuyên mô theo quy định vẫn được ACV xem xét, bổ nhiệm. Việc lưu trữ hồ sơ cán bộ chưa bảo đảm khoa học. Từ năm 2016 đến nay, ACV đã bổ nhiệm 172 trường hợp giữ các chức vụ lãnh đạo, quản lý các cấp. Cụ thể, năm 2016 có 50 trường hợp; năm 2017 có 16 trường hợp và năm 2018 có 106 trường hợp (53 trường hợp đã trình bổ nhiệm từ các năm 2016, 2017). Trong đó, tháng 2/2018 có 2 trường hợp được bổ nhiệm; 11 trường hợp được bổ nhiệm ngày 13/4/2018; ngày 26/5/2018 có 26 trường hợp và đặc biệt ngày 19/6 có tới 67 trường hợp.
Kết luận thanh tra cũng chỉ rõ, mặc dù đã được sự phê duyệt của Ban Thường vụ Đảng ủy, Hội đồng Quản trị ACV trước khi Tổng Giám đốc ký các quyết định bổ nhiệm đối với 67 cán bộ quản lý vào ngày 19/6/2018 (có hiệu lực ngày 1/7/2018), nhưng thời điểm thực hiện việc bổ nhiệm trùng với thời điểm ông Lê Mạnh Hùng, Tổng Giám đốc ACV đã có thông báo nghỉ hưu theo chế độ. Điều này tạo dư luận không tốt, ảnh hưởng đến uy tín chung.
Về nguyên nhân xảy ra một số tồn tại trong công tác cán bộ đã được thanh tra Bộ GTVT chỉ ra tại ACV như: Sau khi chuyển đổi mô hình từ doanh nghiệp nhà nước sang công ty cổ phần, ACV đã tập trung kiện toàn tổ chức ở cả cấp Tổng Công ty và đơn vị trực thuộc. Thời điểm đó, đã có một số trường hợp trình đề nghị bổ nhiệm từ các năm 2016, 2017, nhưng chưa được xem xét, quyết định. Điều này tác động trực tiếp và làm dồn việc bổ nhiệm cán bộ vào thời điểm năm 2018.
Thẩm quyền quyết định bổ nhiệm cán bộ lãnh đạo, quản lý còn tập trung ở cấp Tổng Công ty, chưa phân cấp mạnh xuống đơn vị. Bộ phận tham mưu về công tác cán bộ chưa quan tâm tìm hiểu kỹ và cập nhật đầy đủ các quy định có liên quan để tham mưu thực hiện theo quy định.
Với những nguyên nhân, tồn tại trên, kết luận thanh tra của Bộ GTVT yêu cầu người đại diện phần vốn nhà nước gắn với chức danh lãnh đạo, quản lý phối hợp với Hội đồng quản trị, Ban Thường vụ Đảng ủy ACV khẩn trương chỉ đạo rà soát các quy định, quy chế nội bộ để sửa đổi, bổ sung nhằm khắc phục những tồn tại, hạn chế, vướng mắc trong công tác cán bộ của ACV. Cùng đó, chỉ đạo tiến hành kiểm tra, rà soát lại toàn bộ hồ sơ bổ nhiệm cán bộ lãnh đạo, quản lý của ACV để hoàn thiện; bảo đảm hồ sơ đầy đủ văn bản, chứng chỉ, giấy tờ…
Bên cạnh đó, kết luận Thanh tra của Bộ GTVT cũng đề nghị Đảng ủy Bộ GTVT chỉ đạo Đảng ủy ACV tăng cường hơn nữa trong việc lãnh đạo, chỉ đạo công tác tổ chức cán bộ của ACV; trong đó, chú trọng hoàn thiện quy định nội bộ, công tác quy hoạch, phân cấp quản lý cán bộ.
Trước đó, ông Lê Mạnh Hùng, Tổng Giám đốc ACV dù đã có thông báo nghỉ hưu theo chế độ đã ký bổ nhiệm cán bộ đồng loạt. Cụ thể, ngày 19/6/2018, ông Lê Mạnh Hùng đã ký quyết định bổ nhiệm 76 chức danh trưởng, phó phòng của ACV, có hiệu lực từ 1/7/2018. Trong khi đó, ngày 19/7/2018, ông Lê Mạnh Hùng nghỉ hưu theo chế độ. Trước sự bất thường này, Thanh tra Bộ GTVT đã thành lập đoàn thanh tra tiến hành thanh tra các vấn đề liên quan đến việc bổ nhiệm cán bộ đồng loạt tại ACV.