Người bị kiện có quyền sửa đổi, bổ sung, thay thế, hủy bỏ quyết định bị khởi kiện và người khởi kiện cũng có quyền rút đơn hay không rút đơn khởi kiện đơn khởi kiện trong rất nhiều giai đoạn của quá trình giải quyết vụ án hành chính.
Theo quy định của Luật Tố tụng Hành chính, qua đối thoại mà người bị kiện cam kết sửa đổi, bổ sung, thay thế, hủy bỏ quyết định bị khởi kiện hoặc chấm dứt hành vi hành chính (HVHC) bị khởi kiện và người khởi kiện cam kết rút đơn khởi kiện thì Tòa án lập biên bản về việc cam kết của đương sự.
Trong thời hạn 7 ngày kể từ ngày lập biên bản, người bị kiện phải gửi cho tòa án quyết định hành chính (QĐHC) mới hoặc thông báo về việc chấm dứt HVHC bị khởi kiện và người khởi kiện phải gửi cho tòa án văn bản rút đơn khởi kiện. Hết thời hạn này mà một trong các đương sự không thực hiện cam kết của mình thì thẩm phán tiến hành các thủ tục để mở phiên tòa xét xử vụ án (khoản 3 Điều 140).
Trường hợp nhận được QĐHC mới hoặc văn bản rút đơn khởi kiện thì tòa án phải thông báo cho các đương sự khác biết. Trong thời hạn 7 ngày kể từ ngày nhận được thông báo của tòa án, nếu các đương sự không có ý kiến phản đối thì thẩm phán ra quyết định công nhận kết quả đối thoại thành, đình chỉ việc giải quyết vụ án (khoản 3 Điều 140).
Tại phiên tòa sơ thẩm, người bị kiện cam kết sửa đổi, bổ sung, thay thế, hủy bỏ quyết định bị khởi kiện và người khởi kiện cam kết rút đơn khởi kiện thì tòa án tạm ngừng phiên tòa. Hết thời hạn tạm ngừng phiên tòa (không quá 30 ngày) mà người bị kiện ban hành QĐHC mới, người khởi kiện đồng ý rút đơn khởi kiện thì Hội đồng xét xử quyết định đình chỉ giải quyết vụ án.
Trường hợp tại phiên tòa sơ thẩm, người bị kiện xuất trình QĐHC mới sửa đổi, bổ sung, thay thế, hủy bỏ quyết định bị khởi kiện mà người khởi kiện đồng ý rút đơn khởi kiện thì tòa án ra quyết định đình chỉ giải quyết vụ án. Nếu người khởi kiện không rút đơn khởi kiện thì tòa án phải tiếp tục xem xét tính hợp pháp của QĐHC bị khởi kiện và QĐHC mới.
Trường hợp QĐHC mới có liên quan đến quyền và nghĩa vụ của cơ quan, tổ chức, cá nhân khác thì phải tạm ngừng phiên tòa để đưa cơ quan, tổ chức, cá nhân đó tham gia tố tụng với tư cách người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan và giải quyết vụ án theo thủ tục chung.
Trước khi mở phiên tòa hoặc tại phiên tòa phúc thẩm mà người khởi kiện rút đơn khởi kiện thì Hội đồng xét xử phúc thẩm giải quyết như sau: (i) Người bị kiện không đồng ý thì không chấp nhận việc rút đơn khởi kiện của người khởi kiện; (ii) Đương sự đồng ý thì chấp nhận việc rút đơn khởi kiện của người khởi kiện thì ra quyết định hủy bản án sơ thẩm và đình chỉ giải quyết vụ án (khoản 1 Điều 234).
Người bị kiện sửa đổi, hủy bỏ QĐHC, dừng, khắc phục HVHC bị khởi kiện liên quan đến quyền, nghĩa vụ của cơ quan, tổ chức, cá nhân và người khởi kiện đồng ý rút đơn khởi kiện thì Hội đồng xét xử phúc thẩm hủy bản án, quyết định sơ thẩm và đình chỉ giải quyết vụ án; trong quyết định của bản án phải ghi rõ cam kết của đương sự để bảo đảm thi hành án hành chính. Trường hợp người bị kiện sửa đổi, hủy bỏ QĐHC,... mà việc sửa đổi, hủy bỏ đó liên quan đến quyền, nghĩa vụ của cơ quan, tổ chức, cá nhân khác và họ chưa được tham gia tố tụng tại cấp sơ thẩm thì:
Nếu người khởi kiện rút đơn khởi kiện và người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan có yêu cầu độc lập rút yêu cầu thì Hội đồng xét xử phúc thẩm hủy bản án, quyết định sơ thẩm và đình chỉ giải quyết vụ án.
Nếu người khởi kiện không rút đơn khởi kiện và người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan có yêu cầu độc lập không rút yêu cầu thì Hội đồng xét xử phúc thẩm hủy bản án, quyết định sơ thẩm để xét xử sơ thẩm lại. Trường hợp này, tòa án cấp sơ thẩm phải đưa cơ quan, tổ chức, cá nhân có quyền, nghĩa vụ liên quan đến việc sửa đổi, hủy bỏ QĐHC,… vào tham gia tố tụng với tư cách là người có quyền lợi, nghĩa vụ liên quan (Điều 235).