Theo hồ sơ vụ án: Khoảng 10 giờ 30 ngày 17/9/2019, Phương liên hệ một người đồng nghiệp để yêu cầu chị Dương Huỳnh Thu T (SN 1996, trú tại thị xã Hương Trà, tỉnh Thừa Thiên Huế) mang một liều thuốc làm đẹp đến khu tập thể Đống Đa cho gã. Khi chị này mang thuốc đến thì Phương mở phòng cho chị T vào; sau đó chốt cửa lại. Tại đây, Phương đã có hành vi dùng vũ lực, lời nói nhằm để hiếp dâm, đánh đập chị T gây nhiều thương tích phải nhập viện cấp cứu.
Nhận được thông tin, Công an TP. Huế đã tổ chức khám nghiệm hiện trường, tiến hành làm việc với chị T và Phương. Đến chiều 25/9/2019, cơ quan Cảnh sát điều tra Công an TP. Huế ra quyết định khởi tố vụ án, khởi tố bị can, tiến hành khám xét nơi ở của Phương và bắt tạm giam Phương để tiếp tục điều tra mở rộng.
Được biết, trong suốt thời gian cơ quan Công an điều tra vụ án, gia đình bác sỹ Phương nhiều lần có đơn thư đến các cơ quan chức năng, vượt cấp và chia sẻ lên các trang mạng xã hội những nội dung, thông tin mang tính một chiều, không đúng với hành vi vi phạm pháp luật của Phương như cơ quan điều tra Công an đã làm rõ.
Có thể nói đây là vụ án thu hút rất nhiều sự quan tâm của dự luận, dư luận cũng đánh giá rất cao sự vào cuộc nhanh chóng, quyết liệt của cơ quan Công an đã tìm lại công bằng, lẻ phải cho bị hại cũng như xử lý nghiêm hành vi vi phạm pháp luật của Lê Quang Huy Phương.