Trong quá trình đi vào hoạt động, Nhà máy Bột giấy Phương Nam được cung cấp và lắp đặt nhiều trang thiết bị hiện đại lần đầu tiên tại Việt Nam và trên thế giới chưa có dây chuyền nào hoạt động nên khi chạy thử đã phát sinh khiếm khuyết, ảnh hưởng đến khâu vận hành của nhà máy.
Mặt khác, dự án tiêu hao nguồn năng lượng lớn và giá nguyên liệu đầu vào cũng có sự thay đổi đáng kể so với khi lập dự án với mức giá mua đay thực hiện là 850 đồng/kg, thay vì mức 180 đồng/kg như khi lập dự án. Chưa kể giống đay được trồng năng suất thấp, lượng đay mua được trong 2 năm 2012-2013 thậm chí chỉ đủ cho nhà máy chạy trong… 14 ngày.
Ngay cả trường hợp thuận lợi nhất (nguyên liệu đủ cho 12 tháng vận hành và có đủ vốn lưu động), thì mỗi tấn sản phẩm do dây chuyền này sản xuất sẽ chịu mức lỗ 4,6 triệu đồng. Điều này khiến nhà máy rơi vào tình trạng càng sản xuất càng lỗ và không có khả năng thu hồi vốn.
Bởi vậy, ngày 12/5/2014, Thủ tướng Chính phủ đã đồng ý đề nghị của Bộ Công Thương về việc dừng đầu tư Nhà máy Bột giấy Phương Nam, đồng thời giao Bộ Công Thương, Bộ Tài chính và UBND tỉnh Long An xây dựng phương án thanh lý, nhượng bán trình Chính phủ.
Dự án Bột giấy Phương Nam được đầu tư ban đầu bởi Công ty TNHH một thành viên Phát triển công nghiệp và Vận tải (Tracodi) - một đơn vị hoàn toàn xa lạ với lĩnh vực giấy. Năm 2009, khi chuyển giao chủ đầu tư dự án từ Tracodi sang Tổng công ty Giấy Việt Nam (Vinapaco), theo chỉ đạo, Vinapaco phải nhận nợ bắt buộc với Bộ Tài chính và trả nợ trong thời gian tối đa là 5 năm (thời gian dự kiến từ khi Dự án hoàn thành đi vào hoạt động và có nguồn thanh toán).
Dù đã quá thời hạn này, nhưng khoản nợ trên và nhiều khoản nợ khác của nhà máy giấy này vẫn chưa được thanh toán. Tại một báo cáo của Bộ Công Thương cho thấy, theo số liệu quyết toán dự án Nhà máy bột giấy Phương Nam đã được kiểm toán, tại thời điểm 31/12/2015, tổng nguồn vốn của dự án là 2.703 tỷ đồng thì có tới 2.426 tỷ đồng là nợ dài hạn và 225,8 tỷ đồng nợ ngắn hạn.
Đối với các khoản nợ phải trả, Bộ Công Thương đề nghị Vinapaco tiếp tục thanh toán cho các nhà thầu và Bộ Tài chính tiếp tục trả nợ cho ngân hàng Societe General đối với khoản vay đã đến hạn. Tiếp đó, Thủ tướng đã giao Bộ Tài chính tiếp tục cho Tổng công ty Giấy vay Quỹ tích luỹ trả nợ để trả nợ nước ngoài cho tới khi Thủ tướng phê duyệt phương án xử lý dự án.
Phản hồi lại đề xuất trên, Bộ Tài chính cho rằng, Bộ Công Thương chưa đưa ra được phương án xử lý dứt điểm đối với khoản nợ phải trả lên tới gần 2.652 tỷ đồng, bao gồm nợ phải trả cho ngân hàng Societe General 465,3 tỷ đồng và nợ phải trả Bộ Tài chính 1.398,9 tỷ đồng.
Cũng phải nói thêm rằng, vào thời điểm chuyển giao chủ đầu tư từ 7 năm trước, Bộ Tài chính cũng được yêu cầu tiếp tục cho chủ đầu tư vay từ Quỹ Tích lũy trả nợ nước ngoài để thanh toán nợ gốc và lãi vay phải trả cho Ngân hàng Societe General trong 2 năm 2009-2010, với tổng cộng 18,9 triệu euro. Tuy nhiên, lần này, với lý do quỹ tích luỹ trả nợ là có hạn, nên Bộ Tài chính đã "dứt khoát" trình Thủ tướng Chính phủ đề nghị Tổng công ty Giấy Việt Nam cân đối thu chi tài chính và có trách nhiệm trả khoản nợ này.
Bộ Tài chính cũng đề xuất, sau khi thanh lý nhà máy, sẽ sử dụng nguồn tiền thu được để ưu tiên thanh toán khoản vay nước ngoài là Ngân hàng Societe General trước các khoản vay từ Bộ Tài chính và nợ nhà thầu./.