Thanh tra chỉ ra SHTP cho thuê đất nhiều dự án không phù hợp quy hoạch, gồm: Trung tâm phân tích thí nghiệm và Văn phòng Viện Dầu khí Việt Nam tại TP HCM; công viên Thiên Niên Kỷ; dự án nghiên cứu và sản xuất các thiết bị chiếu sáng, chip led siêu sáng và thiết bị điện tử; dự án hệ thống giám sát và điều khiển Hải Nam; công trình nhà trẻ trong khu...
SHTP cũng bị xác định thực hiện không đúng chủ trương thí điểm năm 2015 của TP khi thêm nhà đầu tư là Cty phát triển khu CNC, tăng diện tích cho thuê từ hơn 2.650m2 lên khoảng 8.840m2 và hạ giá thuê (tính theo năm) 21.400 đồng mỗi m2 xuống còn hơn 12.800 đồng.
Đơn vị này chưa nộp ngân sách nhà nước số tiền hơn 58 tỷ đồng gồm chi phí thuê đất, bồi thường, giải phóng mặt bằng, chưa truy thu hơn 241 tỷ đồng tiền thuê đất với Dự án Trường ĐH Fulbright Việt Nam.
Kết luận cũng chỉ ra SHTP thiếu đôn đốc, kiểm tra để chủ đầu tư 33 dự án chậm đưa đất vào sử dụng, với thời gian chậm từ 1 - 63 tháng. Trong đó, 3 đơn vị sử dụng đất không đúng mục đích đã đăng ký đầu tư...
Theo Thanh tra TP, các tổ chức, cá nhân thuộc Ban Quản lý SHTP tại thời điểm xảy ra các vi phạm phải chịu trách nhiệm. Trưởng Ban Quản lý SHTP giai đoạn này là ông Lê Hoài Quốc, hiện đã nghỉ hưu.
Chủ tịch UBND TP HCM đã giao Trưởng Ban Quản lý SHTP kiểm điểm, xử lý sai phạm. Thanh tra sẽ chuyển hồ sơ cho cơ quan điều tra nếu xác định vi phạm có dấu hiệu hình sự.
Khu Công nghệ cao TP HCM được quy hoạch năm 1998, khánh thành năm 2002, là 1 trong 3 khu công nghệ cao quốc gia do Chính phủ thành lập. Đây là khu kinh tế, kỹ thuật có tính chất đặc biệt nhằm tập trung thu hút đầu tư nước ngoài, đồng thời huy động các nguồn lực trong nước về khoa học, công nghệ cao, hình thành lực lượng sản xuất hiện đại.