Theo xác minh ban đầu, những người có liên quan đến việc điều tra, truy tố, xét xử để xảy ra việc oan sai đối với ông Huỳnh Văn Nén bao gồm:
Đại tá Nguyễn Kiến Quốc ( nguyên Phó Giám đốc Công an tỉnh Bình Thuận); Thượng tá Đinh Kỳ Đáp ( nguyên Phó Phòng Cảnh sát điều tra, Phó Thủ trưởng Cơ quan cảnh sát điều tra); Thiếu tá Nguyễn Quang Bảng (nguyên điều tra viên); Thiếu tá Nguyễn Hữu Tỉnh (nguyên cán bộ Phòng Cảnh sát Điều tra Công an Bình Thuận); bà Nguyễn Thị Hồng Dung ( nguyên Viện trưởng Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Bình Thuận); ông Huỳnh Văn Phương ( nguyên cán bộ Viện kiểm sát nhân dân tỉnh Bình Thuận); ông Đinh Văn Lai ( cán bộ Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Bình Thuận); ông Vũ Hồ Thành (cán bộ Viện Kiểm sát nhân dân tỉnh Bình Thuận); ông Nguyễn Ngọc Quang ( nguyên Chánh án Tòa án nhân dân tỉnh Bình Thuận); ông Phan Gia Báu ( nguyên thẩm phán Tòa án nhân dân tỉnh Bình Thuận) và hai hội thẩm nhân dân là ông Phan Tấn Khế và ông Nguyễn Đẩu.
Trước đó, ngày 17/5/1998, cơ quan CSĐT, Công an tỉnh Bình Thuận bắt tạm giam ông Huỳnh Văn Nén (sinh năm 1962, quê Cà Mau, trú tại thôn 2, Tân Minh, Hàm Tân, Bình Thuận) vì nghi ông Nén là thủ phạm giết bà Bông ở thôn 2 xã Tân Minh, huyện Hàm Tân (Bình Thuận) vào đêm 23/4/1998.