Bệnh viện dã chiến truyền nhiễm số 1 do Bệnh viện Quân y 354 chủ trì, với sự tham gia về lực lượng, trang thiết bị của các Bệnh viện Quân y 354, 105, 103, Trường Sĩ quan Chính trị và phối thuộc Tổ Xét nghiệm của Học viện Quân y đang triển khai tại Bộ CHQS tỉnh Bắc Ninh.
Bệnh viện dã chiến truyền nhiễm số 2 do Bệnh viện Quân y 103 (Học viện Quân y) chủ trì, với sự tham gia về lực lượng, trang thiết bị của Bệnh viện Quân y 103, Bệnh viện Y học Phòng không - Không quân, Viện Y học cổ truyền Quân đội và các lực lượng phối thuộc của Quân đoàn 2, Tổ Xét nghiệm của Học viện Quân y đang triển khai tại Trung đoàn 831 thuộc Bộ CHQS tỉnh Bắc Giang.
Mỗi bệnh viện dã chiến được tổ chức thành 4 cơ quan và 10 khoa, với biên chế hơn 100 người và quy mô 300 giường bệnh (sẵn sàng nâng hệ số sử dụng lên 500 giường). Hai bệnh viện này có nhiệm vụ tiếp nhận, điều trị cho bệnh nhân COVID-19 đến khi ổn định (không còn khả năng lây nhiễm) hoặc đến khỏi cho tất cả các bệnh nhân được thu dung và tổ chức bàn giao cho địa phương tiếp tục cách ly, theo dõi đủ thời gian theo quy định.