Đơn cho rằng, căn nhà số 16 nguyên là biệt thự 2 tầng thuộc sở hữu nhà nước với diện tích khuôn viên đất 381m2, diện tích nhà 264m2. Từ trước 1960, căn nhà do Ủy ban Khoa học Xã hội Việt Nam (nay là Viện Hàn lâm KHXN Việt Nam, viết tắt là Viện Hàn lâm) quản lý sử dụng. Viện Hàn lâm sau đó giao phần diện tích chính của căn nhà cho gia đình GS Liệu dùng làm nơi ở và làm việc; phần diện tích phụ bố trí 3 gia đình cán bộ của cơ quan làm nơi cư trú.
Đến năm 1969, GS Liệu mất. Theo nhà sử học Lê Văn Lan, trước khi mất, GS Liệu để lại di chúc nội dung để lại 31,4m2 tại tầng 1 căn nhà làm “Nhà sách Trần Huy Liệu” lưu giữ những tài liệu, ghi chép, kết quả nghiên cứu của ông.
Ngày 21/11/2006, Công ty Quản lý & Phát triển nhà Hà Nội có Thông báo 6291/CTQL&PTN-QL hủy Hợp đồng thuê nhà 651/HĐNC ngày 31/3/1986 ký với Viện Hàn lâm và thực hiện ký hợp đồng thuê nhà ở cho các hộ thuê tại nhà 16.
68 nhà khoa học nhận thấy di chúc của GS Liệu không được thực hiện, ý nguyện của người quá cố không được hoàn thành nên đã có đơn kiến nghị gửi cơ quan chức năng.
Sau khi tiếp nhận đơn kiến nghị thu hồi diện tích nhà ở tại diện tích 31,4m2 tầng 1 nhà số 16 (hiện nay do một gia đình đang sử dụng), UBND Hà Nội đã tổ chức cuộc họp với Viện Hàn lâm và các đơn vị liên quan xem xét vụ việc và thống nhất chỉ đạo giải quyết bằng Thông báo 691/TB-UBND ngày 13/6/2019.
Thông báo nêu rõ: “Đề nghị Viện Hàn lâm có thông báo yêu cầu tổ chức, các nhân đang chiếm dụng trả lại nhà; nếu tổ chức cá nhân đó không chấp hành thì phối hợp Sở Xây dựng, UBND quận Hoàn Kiểm, UBND phường Phan Chu Trinh lập biên bản, hồ sơ vi phạm trong quản lý nhà thuộc sở hữu nhà nước để xử lý theo quy định pháp luật”.
“Giao UBND quận Hoàn Kiếm phối hợp cùng Viện Hàn lâm, Sở Xây dựng. Công ty TNHHMTV Quản lý & Phát triển nhà Hà Nội kiểm tra, lập hồ sơ, áp dụng biện pháp cương chế hành chính để xử lý dứt điểm vi phạm về quản lý, sử dụng nhà thuộc sở hữu nhà nước tại địa chỉ nêu trên theo đúng quy định pháp luật”.
Tiếp đến, ngày 19/7/2019, UBND quận Hoàn Kiếm có Văn bản 1182/UBND-TNMT đề nghị Viện Hàn lâm có thông báo yêu cầu tổ chức, cá nhân đang chiếm dụng trả lại nhà. Trong quá trình thực hiện có khó khăn vướng mắc, đề nghị Viện Hàn lâm phối hợp UBND quận Hoàn Kiếm giải quyết.
Theo ý kiến chỉ đạo của Phó Chủ tịch UBND TP Hà Nội tại Văn bản số 4158/VP-ĐT ngày 10/5/2023, Sở Xây dựng có Văn bản 2987/SXD-QLN gửi Báo PLVN.
Theo văn bản, Sở Xây dựng đã 2 lần có văn bản gửi Viện Hàn lâm đề nghị cho biết về quan điểm xử lý với diện tích 31,4m2 tại tầng 1 nhà số 16 Phan Huy Chú, nhưng đến nay chưa nhận được quan điểm của Viện. Do đó, Sở Xây dựng sẽ tổng hợp và báo cáo UBND TP sau khi nhận được kết quả việc thực hiện các Thông báo số 691/TB-UBND từ Viện Hàn lâm.
Ngày 17/5/2023, PV PLVN đã có buổi làm việc với đại diện Viện Hàn lâm. Chánh Văn phòng Viện Hàn lâm cho biết, sự việc đã xảy ra từ lâu, các nhà khoa học, đặc biệt là Viện Sử học cũng đã nhiều lần có đơn gửi các cơ quan chức năng giải quyết, xử lý theo nội dung Di chúc của GS Trần Huy Liệu.
Về phía Viện Hàn lâm, vào các ngày 5, 15 và 16/7/2019, đã cử cán bộ, nhân sự trực tiếp đến làm việc với người đang sử dụng nhà để thuyết phục tự nguyện trả lại diện tích đã chiếm dụng nhưng không có kết quả.
Sự việc sau đó vẫn chưa được giải quyết dứt điểm, các nhà khoa học cho rằng tầng 1 căn nhà số 16 vẫn bị chiếm dụng, Di chúc của GS Liệu chưa được thực hiện.
Theo Chánh Văn phòng Viện Hàn lâm, mới đây Viện đã nhận được Văn bản của Sở Xây dựng đề nghị đưa ra quan điểm về sự việc. Ban lãnh đạo Viện đã tập hợp hồ sơ, tài liệu liên quan, đồng thời căn cứ quy định pháp luật và đánh giá hiện trạng thực tế để đưa ra quan điểm, kiến nghị phù hợp nhất gửi Sở Xây dựng và các cơ quan liên quan nhằm giải quyết đúng quy định, hợp tình, hợp lý.