Tại Điều 6 Thông tư quy định các trường hợp sau đây được miễn lệ phí:
Cơ quan đại diện ngoại giao, cơ quan lãnh sự, cơ quan đại diện của tổ chức quốc tế thuộc hệ thống Liên hợp quốc.
Trường hợp thứ hai là viên chức ngoại giao, viên chức lãnh sự, nhân viên hành chính kỹ thuật của cơ quan đại diện ngoại giao và cơ quan lãnh sự nước ngoài, thành viên các tổ chức quốc tế thuộc hệ thống Liên hợp quốc và thành viên của gia đình họ không phải là công dân Việt Nam hoặc không thường trú tại Việt Nam được Bộ Ngoại giao Việt Nam hoặc cơ quan ngoại vụ địa phương (được Bộ Ngoại giao ủy quyền) cấp chứng minh thư ngoại giao; chứng minh thư công vụ hoặc chứng thư lãnh sự.Trường hợp này khi đăng ký cấp giấy chứng nhận, biển số phương tiện giao thông, người đăng ký phải xuất trình với cơ quan đăng ký chứng minh thư ngoại giao; chứng minh thư công vụ hoặc chứng thư lãnh sự theo quy định của Bộ Ngoại giao.
Tiếp theo là tổ chức, cá nhân nước ngoài khác (cơ quan đại diện của tổ chức quốc tế liên chính phủ ngoài hệ thống Liên hợp quốc, cơ quan đại diện của tổ chức phi chính phủ, các đoàn của tổ chức quốc tế, thành viên của cơ quan và tổ chức khác) không thuộc đối tượng nêu tại khoản 1 và khoản 2 Điều này, nhưng được miễn nộp hoặc không phải nộp lệ phí cấp chứng nhận đăng ký, biển số phương tiện giao thông theo cam kết quốc tế, điều ước quốc tế mà nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam là thành viên hoặc thỏa thuận quốc tế giữa bên ký kết Việt Nam với bên ký kết nước ngoài. Trường hợp này tổ chức, cá nhân phải cung cấp cho cơ quan đăng ký: Bản chụp cam kết quốc tế, điều ước quốc tế hoặc thỏa thuận quốc tế.
Cuối cùng là xe mô tô ba bánh chuyên dùng cho người khuyết tật.