Khoản 6 Điều 1 quy định về biểu khung thuế, Dự thảo Luật đề xuất điều chỉnh khung thuế đối với xăng dầu (trừ xăng dầu sinh học), theo đó, khung thuế đối với xăng từ 1.000 - 4.000 đồng/lít được điều chỉnh lên 3.000 - 8.000 đồng/lít.
Trong các ý kiến tham gia góp ý cho Dự thảo, có ý kiến đề nghị quy định lộ trình áp dụng ngay tại dự thảo Luật để đảm bảo tính ổn định của chính sách, cũng có ý kiến cho rằng căn cứ điều chỉnh khung thuế chưa rõ, dự thảo Tờ trình Chính phủ có nêu tỷ lệ thuế của từng mặt hàng ở Việt Nam đang ở mức thấp, nhưng cơ quan soạn thảo lại không nêu rõ tỷ lệ thuế tương ứng với từng mặt hàng tại các nước khác là bao nhiêu.
Có ý kiến cho rằng tại dự thảo Luật chủ yếu đề cập đến việc tăng thuế BVMT đối với xăng dầu do cắt giảm thuế nhập khẩu mặt hàng này theo cam kết quốc tế. Điều này dẫn đến cảm nhận rằng hàng hóa khác (như than) gây ô nhiễm môi trường lớn nhưng lại không có đề xuất tăng thuế BVMT cao như xăng dầu. Có ý kiến khác lại đề nghị điều chỉnh tăng mức thuế tối đa trong khung thuế bằng 1,5 lần mức thuế tối đa trong khung thuế hiện hành (từ 4.000 đồng/lít lên 6.000 đồng/lít). Có ý kiến đề nghị điều chỉnh tăng mức thuế tối đa đối với xăng lên 5.000 đồng/lít, vì xăng dầu là mặt hàng thiết yếu phục vụ sản xuất, lưu thông và tiêu dùng, do đó khi tăng mức thuế sẽ ảnh hưởng lớn đến mọi mặt hoạt động của xã hội...
Về vấn đề này, Bộ Tài chính giải trình, tại dự thảo Luật điều chỉnh khung thuế BVMT đối với xăng từ 1.000-4.000 đồng/lít lên 3.000-8.000 đồng/lít. Việc tính toán điều chỉnh khung thuế không chỉ xem xét đến yếu tố cam kết quốc tế về cắt giảm dần thuế nhập khẩu, mà còn xem xét đến nhiều yếu tố khác như: Xăng dầu là sản phẩm khi sử dụng gây tác động rất xấu đến môi trường cần có chính sách nhằm khuyến khích sử dụng năng lượng thay thế; giá bán lẻ xăng dầu của Việt Nam so với các nước trên thế giới, tỷ lệ thuế trên giá xăng dầu; và để chủ động ứng phó với tình hình kinh tế thế giới, đặc biệt là tác động do giá dầu thế giới có biến động lớn...
Theo Bộ Tài chính, khung thuế này sẽ áp dụng cho lộ trình dài. Còn mức thuế BVMT cụ thể đối với xăng vẫn áp dụng như hiện hành là 3.000 đồng/lít. Tùy vào điều kiện kinh tế - xã hội từng thời kỳ, khi đề xuất mức thuế BVMT cụ thể đối với xăng dầu, Bộ Tài chính sẽ phải đánh giá tác động của việc điều chỉnh mức thuế đến nền kinh tế trong nước, đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp, tới giá bán lẻ xăng dầu và đời sống người dân, đảm bảo cùng với các giải pháp cải cách hành chính sẽ không làm giảm sức cạnh tranh của doanh nghiệp Việt Nam. Do đó, Bộ Tài chính đề nghị giữ như quy định tại dự thảo Luật.