Thời gian qua, công tác bảo vệ môi trường tại các KCN trên địa bàn tỉnh Phú Yên luôn được quan tâm, chú trọng. Tại các KCN đang hoạt động đều có trạm xử lý nước thải tập trung đã đi vào hoạt động và xử lý đạt quy chuẩn môi trường.
Việc kiểm tra, giám sát chất lượng môi trường nước trước khi xả thải ra môi trường tại trạm xử lý nước thải tập trung tại các KCN đều được đầu tư lắp đặt hệ thống quan trắc nước thải tự động, liên tục. Hiện các hệ thống này tại các KCN đều đang hoạt động ổn định, dữ liệu về kết quả quan trắc các chỉ số nước thải đầu ra (lưu lượng nước thải, TSS, COD, pH, nhiệt độ) được truyền trực tiếp về Sở Tài nguyên và Môi trường để theo dõi, giám sát.
Riêng khí thải tại các dự án trong KCN do nhà đầu tư tự đầu tư hệ thống xử lý theo hồ sơ báo cáo đánh giá tác động môi trường đã được phê duyệt, đảm bảo xử lý đạt quy chuẩn trước khi thải ra môi trường.
Theo UBND tỉnh Phú Yên, công tác chấp hành pháp luật về bảo vệ môi trường đối với các doanh nghiệp đang hoạt động tại các KCN thường xuyên được kiểm tra, giám sát. Kết quả cho thấy, các doanh nghiệp tại các KCN đa số đều thực hiện tốt các quy định cụ thể của Luật Bảo vệ môi trường cụ thể như: xây dựng đầy đủ các công trình xử lý nước thải, khí thải, công trình thu gom chất thải rắn, thực hiện công tác báo cáo giám sát định kỳ đúng quy định.