Theo hồ sơ vụ việc, từ năm 2004 - 2006, khi đang là cán bộ địa chính xã Nghĩa Xuân, huyện Quỳ Hợp (Nghệ An), Kiên nhận tiền làm sổ đỏ cho một số hộ dân trên địa bàn các xã Nghĩa Xuân, Châu Lộc, Châu Thái… thuộc huyện Quỳ Hợp. Thay vì nhận tiền làm bìa đỏ thật thì Kiên lại làm bìa đỏ giả với mục đích chiếm đoạt toàn bộ số tiền của người dân đưa đem tiêu xài cá nhân. Kiên còn sử dụng sổ đỏ giả để vay mượn ngân hàng số tiền 210 triệu đồng và vay nóng bên ngoài nhưng không có khả năng chi trả.
Vụ việc được phát giác, CQĐT vào cuộc điều tra phát hiện những việc làm vi phạm pháp luật trong quá trình công tác của Kiên. Trong thời gian này, Kiên đang tham gia lớp học nâng cao nghiệp vụ tại Thanh Hóa, khi nghe ngóng tin mình bị điều tra, biết mình đã lộ chân tướng nên đột nhiên biến mất.
Cảnh sát truy bắt một thời gian không có kết quả, ngày 10/6/2006, Cơ quan CSĐT Công an huyện Quỳ Hợp ra Quyết định truy nã đối với Trương Huy Kiên về 2 tội danh “Lừa đảo chiếm đoạt tài sản” và “Giả mạo trong công tác”, số tiền chiếm đoạt hơn 500 triệu đồng. Vụ việc sau đó được chuyển hồ sơ lên CQĐT cấp tỉnh để điều tra xử lý theo quy định. Trong nhiều năm qua, cảnh sát vẫn triển khai lực lượng truy bắt Kiên nhưng không có kết quả. Khó khăn là Kiên cắt đứt hoàn toàn liên lạc với người thân, bạn bè, phía gia đình lại không có thái độ hợp tác.
Cuối tháng 9/2018, tổ truy nã, trinh sát Phòng Cảnh sát Hình sự (Công an Nghệ An) nắm được thông tin trong thời gian đầu trốn chạy Kiên trốn ra TP Hà Nội, đến năm 2012, Kiên về Yên Bái làm ăn sinh sống. Chuyên án mang bí số 918L được xác lập để điều tra truy bắt Kiên về quy án. Ban chuyên án phối hợp với Công an huyện Quỳ Hợp và các lực lượng nghiệp vụ sử dụng đồng bộ các biện pháp nghiệp vụ để tìm manh mối Kiên.
Cuối tháng 9/2018, Ban chuyên án có mặt tại Yên Bái phối hợp với Công an tỉnh này tiến hành xác minh, sàng lọc đối tượng. Qua rà soát phát hiện người đàn ông tên Nguyễn Phi Hùng (SN 1981, trú tại xã Vĩnh Kiên, huyện Yên Bình, Yên Bái) có hình dáng, đặc điểm nhận dạng giống với đối tượng truy nã Trương Huy Kiên. Qua quá trình xác minh, theo dõi các hoạt động thì cảnh sát nắm được thông tin gần đây, mẹ và em gái của Trương Huy Kiên có xuất hiện tại địa bàn xã Vĩnh Kiên. Ban chuyên án nhận định hiện Kiên đang ẩn náu tại xã Vĩnh Kiên, có thể đã thay tên đổi họ thành Nguyễn Phi Hùng nhằm che giấu thân phận của mình.
Tối 2/10/2018, Ban chuyên án nhận được thông tin Nguyễn Phi Hùng vừa trở về nhà sau thời gian đi làm ăn xa. Tổ công tác ngay lập tức có mặt tại xã Vĩnh Kiên, phối hợp với Công an huyện Yên Bình và Công an xã Vĩnh Kiên tiến hành mật phục nhà ở của Hùng.
Khoảng 10h ngày 3/10, phát hiện Nguyễn Phi Hùng đang có mặt trong nhà và xác định chính xác Hùng chính là Trương Huy Kiên, Ban chuyên án bất ngờ ập đến khống chế bắt giữ đối tượng trước sự ngỡ ngàng của nhiều người. Dù hơi hoảng sợ nhưng Kiên quanh co chối tội và luôn khẳng định mình là Nguyễn Phi Hùng. Tuy nhiên, qua đấu tranh, trước những chứng cứ không thể chối cãi, Kiên đã phải cúi đầu thừa nhận toàn bộ hành vi phạm tội.
Theo khai nhận, quá trình lẩn trốn, Kiên dùng CMND của em Nguyễn Phi Hùng- người em kết nghĩa đã mất dán ảnh mình lên để hợp thức hóa giấy tờ thủ tục, dưới vỏ bọc là một người đàn ông lương thiện. Sau khi ly hôn người vợ đầu, 6 năm trước Trương Huy Kiên đã lấy vợ 2 là người Yên Bái, hiện có với nhau 2 đứa con. Kiên còn là em vợ của một công an viên xã Vĩnh Kiên, nên càng được mọi người tin tưởng.
Thời điểm bị bắt, vợ con và bà con lối xóm hết sức ngỡ ngàng khi biết Huy – Kiên là một kẻ lừa đảo trốn nã lâu nay. Tại cơ quan điều tra, Trương Huy Kiên tâm sự, đã nhiều lần nghĩ đến việc ra đầu thú, thế nhưng, cứ nghĩ cảnh các con còn rất nhỏ và nếu như vợ con biết mình là kẻ bị truy nã lại không đành lòng. Cái giá phải trả đáng lẽ Kiên đã thực hiện xong, nhưng sau 12 năm trốn chui lủi, Kiên phải về chịu hình phạt của pháp luật.