Hệ thống này được thiết kế để giải quyết nhiều vấn đề quan trọng. Trong đó, về kết nối, Cổng dịch vụ công trực tuyến của các bộ, ngành địa phương chỉ cần kết nối với Cổng PayGov với một giao diện thống nhất là có thể sử dụng các tiện ích của tất cả các trung gian thanh toán.
Đồng thời, các trung gian thanh toán chỉ cần kết nối đến Cổng PayGov là có thể tiếp cận, cung cấp dịch vụ cho tất cả các bộ, ngành, địa phương. Về tra soát, đối soát, quyết toán, Cổng PayGov cung cấp công cụ hỗ trợ giải quyết vấn đề về tra soát, đối soát, quyết toán giữa các bên liên quan; đặc biệt là hỗ trợ đối soát, quyết toán một cách tự động với Kho bạc.
Về một địa chỉ thanh toán thống nhất, Cổng PayGov không chỉ đáp ứng nhu cầu thanh toán cho dịch vụ công trực tuyến mà còn có thể mở rộng đáp ứng nhu cầu thanh toán trực tuyến của người dân đối với dịch vụ, tiện ích khác như y tế, giáo dục, điện, nước…