Bên cạnh việc chỉ ra những kết quả chủ yếu đã đạt được, Thanh tra Chính phủ nêu rõ những khuyết điểm, vi phạm của các tập thể, cá nhân liên quan trong quá trình thực hiện đầu tư, xây dựng khu đô thị mới Thủ Thiêm.
Chẳng hạn, các cơ quan chức năng liên quan của thành phố đã đề xuất và được Thường trực Thành ủy, Ủy ban nhân dân thành phố phê duyệt chi phí đầu tư bình quân cho 1m2 đất thương mại – dịch vụ - nhà ở là 26 triệu đồng/m2, chênh lệch giảm khoảng 50% so với đơn giá đã được các sở, ngành đề xuất ban đầu với lý do loại bớt một số chi phí cho các hạng mục công trình đã được phê duyệt quy hoạch có tổng giá trị là 17.042 tỷ đồng (gồm Quảng trường trung tâm, Công viên bờ sông Sài Gòn, Khu lâm viên sinh thái phía Nam, 6 trường công lập và 5 cây cầu nối từ Trung tâm thành phố qua khu đô thị mới Thủ Thiêm) là không đầy đủ và không đúng quy định…
Đối với khu tái định cư 38,4ha thuộc khu đô thị mới Thủ Thiêm, tại thời điểm thanh tra, các dự án thuộc khu tái định cư 38,4ha đã được Thanh tra Bộ Xây dựng và Kiểm toán Nhà nước thực hiện kiểm tra và có kết luận. Tuy nhiên, thực hiện hiện ý kiến chỉ đạo của Thường trực Chính phủ tại Thông báo số 68/TB-VPCP ngày 16/4/2019, Thanh tra Chính phủ đã đề nghị Ủy ban nhân dân thành phố báo cáo và cung cấp hồ sơ bổ sung.
Bước đầu cho thấy, việc đầu tư khu đô thị mới Thủ Thiêm còn mất cân đối vốn khoảng 8,7 nghìn tỷ đồng. Trách nhiệm liên quan đến các khuyết điểm, vi phạm nêu trên thuộc lãnh đạo Ủy ban nhân dân thành phố và các sở, ngành như: Tài chính, Tài nguyên và Môi trường, Ban Quản lý khu đô thị mới Thủ Thiêm…
Về xử lý kinh tế, Thanh tra Chính phủ kiến nghị Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo Ủy ban nhân dân thành phố Hồ Chí Minh thực hiện thu hồi và hoàn trả ngay khoản tiền đã tạm ứng từ ngân sách Nhà nước không đúng quy định đã đầu tư cho khu đô thị mới Thủ Thiêm đến thời điểm 30/9/2018 là hơn 26,3 nghìn tỷ đồng; sớm có giải pháp huy động các nguồn vốn hợp pháp để trả nợ các khoản vay ngân hàng đã đầu tư cho khu đô thị mới Thủ Thiêm là gần 4,3 nghìn tỷ đồng. Ủy ban nhân dân thành phố cần nghiên cứu các phương án khai thác quỹ đất còn lại trong khu đô thị mới Thủ Thiêm, tính lại tiền sử dụng đất của các dự án đã giao cho nhà đầu tư; đảm bảo không thất thoát tài sản nhà nước và khắc phục tình trạng mất cân đối khi đầu tư xây dựng khu đô thị mới Thủ Thiêm như Kết luận đã nêu trên…
Về xử lý trách nhiệm, Thanh tra Chính phủ đề xuất giao Ủy ban nhân dân thành phố chỉ đạo kiểm điểm, xử lý trách nhiệm đối với các tổ chức, cá nhân thuộc thẩm quyền như: Ban Quản lý khu đô thị mới Thủ Thiêm; các Sở: Giao thông Vận tải, Tài chính, Tài nguyên và Môi trường, Quy hoạch – Kiến trúc, Xây dựng, Kế hoạch và Đầu tư, Viện Nghiên cứu phát triển thành phố; các đơn vị tư vấn, các nhà đầu tư dự án… đã có khuyết điểm, vi phạm.
Thanh tra Chính phủ sẽ chuyển Kết luận thanh tra đến Ủy ban Kiểm tra Trung ương để xem xét, xử lý theo thẩm quyền đối với các tổ chức, cá nhân thuộc diện Bộ Chính trị và Ban Bí thư quản lý có liên quan đến khuyết điểm, vi phạm được nêu. Trong quá trình xử lý về trách nhiệm và kinh tế sau thanh tra, nếu không khắc phục được hoặc khắc phục không triệt để các vi phạm về kinh tế gây thiệt hại tài sản nhà nước trước ngày 31/12/2019 thì chuyển hồ sơ sang cơ quan điều tra để xem xét, xử lý theo quy định của pháp luật.