Theo đó, Chủ tịch UBND Thành phố Nguyễn Đức Chung giao Sở Quy hoạch - Kiến trúc (cơ quan thường trực Ban Chỉ đạo) là đơn vị đầu mối chủ trì phối họp với Viện Quy hoạch xây dựng Hà Nội và các sở, ngành, đơn vị liên quan tập hợp toàn bộ các thông tin liên quan phục vụ cho công tác nghiên cứu, lập đồ án Quy hoạch hai bên bờ sông Hồng; các hồ sơ thiết kế quy hoạch, kiến trúc, xây dựng của các đơn vị tư vấn trước đây đã nghiên cứu liên quan dọc hai bên sông Hồng, bàn giao cho các Nhà đầu tư để cung cấp cho các đơn vị tư vấn nước ngoài nghiên cứu.
Yêu cầu việc nghiên cứu quy hoạch dọc hai bên sông Hồng phải theo hướng: bảo đảm phòng chống lũ, tạo lập một đô thị hiện đại, khai thác hiệu quả quỹ đất, tạo quỹ đất cho Thành phố để tạo nguồn lực thực hiện quy hoạch; ưu tiên tái định cư tại chỗ; phát triển giao thông vận tải và du lịch đường sông; nghiên cứu phương án quy hoạch tuyến đường dọc hai bên sông kết hợp làm đê ngăn lũ.
Nghiên cứu quy hoạch theo 2 phương án: Phương án 1: Quy hoạch xây dựng đường và đê kết hợp bảo đảm khai thác quỹ đất phát triển đô thị và giữ an toàn nội đô (chống lũ trên báo động 3), thay thế cho tuyến đê hiện tại. Phương án 2: Quy hoạch xây dựng đường và đê kết hợp đảm bảo chống lũ báo động 2; bên cạnh đó, quy hoạch xây dựng hệ thống hồ, kênh thu nước, phục vụ tiêu thoát nước hỗ trợ tuyến đê phía trong (đê hiện tại) đảm bảo chống lũ trên báo động 3.
Nghiên cứu quy hoạch phân làm 2 giai đoạn: Giai đoạn 1: Lập quy hoạch hai bên sông Hồng: đoạn từ cầu Thăng Long đến cầu Thanh Trì. Giai đoạn 2: Quy hoạch hai bên sông Hồng đoạn còn lại trên địa bàn Thành phố.