Hiện Hà Nội có 41 bệnh viện công lập, 30 trung tâm y tế cấp quận, huyện với 10.750 giường bệnh. Khối y tế ngoài công lập có 34 bệnh viện tư nhân với 2.931 giường; số giường bệnh của nhóm phòng khám đa khoa, chuyên khoa và cơ sở dịch vụ y tế khoảng 1.317 giường. Với tổng số 12.067 giường bệnh, hiện mỗi ngày các cơ sở y tế của Hà Nội thải ra khoảng hơn 24.200 tấn chất thải rắn, hơn 10.400m3 chất thải lỏng. Hiện TP vẫn còn một số bệnh viện xử lý chất thải rắn theo mô hình tại chỗ; phần lớn các bệnh viện, trung tâm y tế còn lại xử lý chất thải rắn theo mô hình tập trung; nhiều bệnh viện, hệ thống xử lý chất thải lỏng đã xuống cấp như bệnh viện: K, E, Bưu điện, Răng hàm mặt, Nhi Trung ương, Phụ sản Trung ương....
Theo đại diện Sở Y tế Hà Nội, hiện công tác thu gom, vận chuyển chất thải rắn y tế vẫn gặp nhiều khó khăn do thiếu phương tiện thu gom, vận chuyển chuyên dụng. Sở Y tế Hà Nội đặt mục tiêu: Đến năm 2020, 100% chất thải rắn y tế trên địa bàn TP sẽ được xử lý đúng quy định để bảo vệ môi trường. Sở cũng kiến nghị TP rà soát, xây dựng kế hoạch và lập dự toán kinh phí để từng bước nâng cấp hệ thống xử lý chất thải cho các cơ sở y tế công lập.