Liên quan đến xử lý nước thải y tế, UBND TP đã chỉ đạo Sở Tài nguyên và Môi trường tăng cường kiểm tra, giám sát việc xử lý nước thải tại các bệnh viện và cơ sở y tế; yêu cầu các bệnh viện, cơ sở y tế vận hành thường xuyên các trạm xử lý nước thải đảm bảo đạt Quy chuẩn xả thải ra môi trường. Đồng thời, chỉ đạo Sở Y tế rà soát hệ thống xử lý chất thải y tế của các đơn vị trong ngành, đề xuất UBND thành phố đầu tư nâng cấp.
Hiện hầu hết các bệnh viện, phòng khám đa khoa khu vực thuộc ngành Y tế Hà Nội đều được đầu tư hệ thống xử lý chất thải lỏng. Thành phố cũng đã đầu tư hệ thống xử lý nước thải y tế tại 45 phòng khám đa khoa và nhà hộ sinh thuộc các trung tâm y tế quận, huyện, thị xã. 34 bệnh viện tư nhân trên địa bàn đều có hệ thống xử lý nước thải và đảm bảo đủ tiêu chuẩn về xử lý chất thải lỏng y tế theo quy định.