Phó Trưởng Ban Thường trực là Ủy viên Bộ Chính trị, Phó Thủ tướng Thường trực Trương Hòa Bình.
Ông Phạm Minh Chính, Ủy viên Bộ Chính trị, Trưởng Ban Tổ chức Trung ương và ông Uông Chu Lưu, Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Phó Chủ tịch Quốc hội làm Phó Trưởng Ban chỉ đạo.
Ông Nguyễn Chí Dũng, Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Bộ trưởng Bộ Kế hoạch và Đầu tư và ông Lê Vĩnh Tân, Ủy viên Ban Chấp hành Trung ương Đảng, Bộ trưởng Bộ Nội vụ làm Ủy viên thường trực. Các ủy viên khác là lãnh đạo các cơ quan, bộ, ngành, địa phương liên quan, trong đó có Bộ trưởng Bộ Tư pháp Lê Thành Long.
Ban chỉ đạo có nhiệm vụ chỉ đạo phối hợp giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành thuộc thẩm quyền của Chính phủ, Thủ tướng liên quan đến các đơn vị hành chính - kinh tế đặc biệt.
Hoạt động, phân công trách nhiệm cụ thể đối với các thành viên của Ban Chỉ đạo thực hiện theo Quy chế hoạt động của Ban Chỉ đạo do Thủ tướng Chính phủ ban hành.
Bộ Kế hoạch và Đầu tư là cơ quan thường trực Ban chỉ đạo và thành lập Tổ giúp việc Ban Chỉ đạo gồm đại diện Bộ Kế hoạch và Đầu tư, Văn phòng Chính phủ, Bộ Nội vụ, Bộ Tư pháp và một số cơ quan liên quan
