Lực lượng BĐBP hiện phụ trách, quản lý, kiểm tra, kiểm soát XNC tại 242 cửa khẩu. Trong đó có 206 cửa khẩu, lối mở, đường qua lại trên biên giới đất liền và 36 cửa khẩu cảng... Trước đây, hoạt động thủ tục biên phòng chủ yếu thực hiện bằng biện pháp thủ công, từ việc tra cứu, đăng ký đến theo dõi xuất, nhập cảnh đều bằng sổ sách truyền thống, dẫn đến hiệu suất công việc thấp, mất nhiều thời gian.
Do vậy, tình trạng quá tải ở cửa khẩu xảy ra thường xuyên, nhất là những thời điểm lưu lượng người và phương tiện thông quan lớn. Đối với các cửa khẩu cảng biển, do có nhiều cơ quan cùng tham gia giải quyết thủ tục, nên nảy sinh những bất cập, như: chi phí đi lại tốn kém; chờ kết quả của người làm thủ tục; chi phí neo, đậu bến, bãi; hao mòn máy móc, phương tiện của chủ phương tiện và hành khách tăng cao v.v...
Cùng với sự hòa nhập quốc tế, trong những năm qua, hệ thống cửa khẩu biên giới đường bộ, cửa khẩu cảng biển của Việt Nam cũng ngày càng được nâng cấp và mở rộng cả về quy mô lẫn số lượng, với nhiều loại hình xuất nhập cảnh, các loại giấy tờ, quốc tịch và đối tượng XNK ngày càng đa dạng, phức tạp.
Lưu lượng người, phương tiện, hàng hóa lưu thông qua cửa khẩu ngày càng lớn, trung bình hàng năm, các đơn vị cửa khẩu đã làm thủ tục cho hàng chục triệu lượt người, phương tiện XNC; bảo vệ an ninh, an toàn cho hàng chục lượt tàu quân sự nước ngoài với hàng chục nghìn thuyền viên, thủy thủ đến thăm Việt Nam.
Từ ngày 1/7/2018, 36/36 đơn vị cửa khẩu cảng biển đã thực hiện thủ tục Biên phòng điện tử thông qua Cổng thông tin một cửa quốc gia, ứng dụng công nghệ cuộc cách mạng 4.0, thực hiện kiểm soát xuất nhập cảnh tự động tại các cửa khẩu trọng điểm.
Kết quả nổi bật của việc cải cách thủ tục hành chính là giảm thời gian làm thủ tục XNC từ 5 phút xuống còn 1 phút/1 khách. Riêng đối với các cửa khẩu có lưu lượng lớn khách XNC vùng biên giới, sử dụng giấy thông hành để xuất nhập cảnh, Bộ Tư lệnh BĐBP đã chỉ đạo nghiên cứu áp dụng công nghệ kiểm soát bằng thẻ từ và mã vạch, do đó thời gian làm thủ tục chỉ mất từ 3-5 giây/người.
Bộ Chỉ huy BĐBP các tỉnh có cửa khẩu thường xuyên phối hợp, hiệp đồng chặt chẽ với các lực lượng làm nhiệm vụ tại cửa khẩu, đảm bảo các hoạt động kiểm soát được thực hiện một cách thống nhất, đồng bộ, tạo điều kiện cho các hoạt động XNC, xuất nhập khẩu nhanh chóng, thuận tiện, song vẫn đảm bảo chặt chẽ, đúng thủ tục theo quy định của pháp luật.
Bằng các biện pháp tích cực, đồng bộ, chất lượng công tác quản lý cửa khẩu của BĐBP các tỉnh được nâng lên rõ rệt, bảo đảm thuận tiện, thông thoáng, chặt chẽ trong kiểm tra, kiểm soát xuất, nhập cảnh.
Ví dụ, tại Quảng Ninh, các cửa khẩu đã góp phần giảm các loại giấy tờ do BĐBP phụ trách từ 9 loại còn 5 loại, thời gian còn từ 7-5 giây/người qua lại cửa khẩu; giấy tờ liên quan đến phương tiện vào cảng giảm từ 36 loại còn 6 loại; xuất trình giấy tờ giảm từ 27 loại còn 9 loại, thời gian còn 6-3 phút…
Tuy nhiên, lợi dụng chính sách mở cửa, hội nhập quốc tế, bọn phản động lưu vong và các thế lực thù địch luôn tìm cách xâm nhập bằng mọi hình thức để hoạt động chống phá cách mạng nước ta với nhiều phương thức, thủ đoạn ngày càng tinh vi, xảo quyệt.
Trên các cửa khẩu biên giới, cảng biển, BĐBP luôn phải đối mặt với nhiều hoạt động của các loại tội phạm như: Tội phạm buôn bán, vận chuyển ma túy, vũ khí, tiền giả, mua bán phụ nữ, trẻ em, buôn lậu, gian lận thương mại, đặc biệt là các loại tội phạm sử dụng hộ chiếu giấy tờ giả để xuất, nhập cảnh qua cửa khẩu.... gây khó khăn cho BĐBP trong thực hiện nhiệm vụ bảo vệ chủ quyền, an ninh biên giới quốc gia.
Trong năm 2018, cùng với việc tham mưu cho cấp trên nhiều chủ trương, đối sách, Cục Cửa khẩu BĐBP đã chỉ đạo BĐBP các tỉnh, thành phố duy trì nghiêm công tác kiểm tra, kiểm soát, giám sát xuất nhập cảnh, tạo thuận lợi cho các hoạt động lưu thông biên giới; hướng dẫn, chỉ đạo các đơn vị triển khai thí điểm cấp, kiểm soát thị thực điện tử cho người nước ngoài nhập cảnh Việt Nam.
Nhờ tinh thông nghiệp vụ, lực lượng làm nhiệm vụ tại cửa khẩu đã kịp thời phát hiện các hành vi sử dụng hộ chiếu quá hạn tạm trú, không có thị thực, sử dụng hộ chiếu người khác để xuất cảnh, mất hộ chiếu, qua lại biên giới không làm thủ tục xuất nhập cảnh, sử dụng hộ chiếu có dấu kiểm chứng giả, thuyền viên đi bờ quá thời gian quy định, lên xuống tàu không có giấy phép...
Trong 10 năm (2009-2019), các đơn vị cửa khẩu đã làm thủ tục XNC cho trên 50 triệu lượt người, 50 triệu lượt phương tiện và hàng chục triệu lượt người lưu thông qua lại các cửa khẩu đường bộ, đường biển.
Đã phát hiện, bắt và xử lý: 3.550 vụ/9.790 đối tượng tội phạm vi phạm các quy định về XNC; 302 vụ/356 đối tượng vận chuyển tài liệu mật ra nước ngoài, vận chuyển ma túy, tiền tệ, vũ khí quân dụng...; thu giữ lượng lớn hêrôin, ma túy cùng nhiều vũ khí quân dụng các loại; bắt và xử lý 861 vụ buôn lậu, thu giữ hàng hóa trị giá trên 10,1 tỷ đồng.