Điều kiện xét hỗ trợ gồm: điều kiện chung là các HTX nông nghiệp thành lập, tổ chức và hoạt động theo quy định của Luật HTX 2012; dự án đầu tư phát triển kết cấu hạ tầng của HTX nông nghiệp phải đảm bảo: công trình kết cấu hạ tầng đề nghị hỗ trợ phù hợp với nhu cầu hoạt dộng sản xuất, kinh doanh và dịch vụ của HTX nông nghiệp, phù hợp với quy hoạch liên quan, có phương án khai thác, duy tu, bảo dưỡng và kế hoạch hoạt động sản xuất, kinh doanh đối với công trình kết cấu hạ tầng xin hỗ trợ, góp vốn đối ứng theo dự án được phê duyệt nhưng tối thiểu 20% tổng mức đầu tư.
Các HTX nông nghiệp được xét hỗ trợ đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng theo thứ tự ưu tiên: Có hợp đồng liên kết tiêu thụ nông sản với các doanh nghiệp có giá trị tối thiểu 300 triệu đồng/năm; tổ chức cho các thành viên sản xuất theo quy trình thực hành sản xuất nông nghiệp tốt hoặc được cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm; áp dụng khoa học, công nghệ tiên tiến hoặc sử dụng hệ thống tiết kiệm; HTX nông nghiệp hoạt động trên địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, đặc biệt khó khăn theo quy định của pháp luật hiện hành.
Các HTX nông nghiệp được hỗ trợ về trụ sở làm việc, sân phơi, nhà kho, cửa hàng vật tư nông nghiệp, xưởng sơ chế, chế biến, công trình điện nước sinh hoạt, chợ đầu mối, đấu giá nông sản, công trình thủy lợi, giao thông nội đồng trong lĩnh vực trồng trọt, lâm nghiệp, diêm nghiệp, hạ tầng vùng nuôi trồng thủy, hải sản.