Theo đó, vùng lõi của KDTSQ là bảo tồn hệ sinh thái tự nhiên, đa dạng sinh học, nguồn gen trong KDTSQ; cung cấp dữ liệu khoa học về hệ sinh rừng, đa dạng sinh học và nguồn gen; cung cấp kiến thức bản địa để thích nghi với biến đổi khí hậu.
Vùng đệm, cung cấp nguồn thu nhập, sinh kế tăng thêm từ việc quản lý rừng và các nguồn tài nguyên bền vững; tái tạo và phục hồi hệ sinh thái rừng; cung cấp môi trường và các cơ hội cho hoạt động giáo dục môi trường, du lịch sinh thái và nghiên cứu; gìn giữ văn hóa truyền thống và đời sống của người dân tộc thiểu số, vùng chuyển tiếp; giới thiệu và phát triển nông nghiệp công nghệ cao thân thiện môi trường; phát triển du lịch kết hợp với du lịch sinh thái dựa vào cộng đồng; tiếp thị sản phẩm, hàng hóa sản xuất trong vùng đệm; cung cấp cơ hội việc làm cho người dân địa phương.
Trên cơ sở này, có 36 tiểu chương trình - mục tiêu cụ thể hướng vào từng vùng và toàn khu vực sẽ được triển khai.
