Theo cáo trạng, Khoa không được cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp phép khai thác khoáng sản, từng bị xử lý hành chính về hành vi này nhưng vẫn tiếp tục vi phạm.
Đầu tháng 5/2022, biết ông L.M.T (SN 1974, trú phường Thạch Thang, quận Hải Châu, Đà Nẵng) có ý định cải tạo đất để làm trang trại nên Khoa đã liên hệ, xin san gạt phần đất trên.
Khoa liên hệ trao đổi, xin được cải tạo đất nhưng ông T chỉ đồng ý thuê san gạt đoạn đường vào khu đất có chiều dài khoảng 30m và đắp 1 bờ đất để không ngập nước tại khu vực này chứ không được vận chuyển đất đi nơi khác.
Sau đó, Khoa liên hệ thỏa thuận, thống nhất cùng ông Văn Trung (SN 1987, trú quận Cẩm Lệ, Đà Nẵng) tiến hành khai thác đất trái phép tại diện tích đất của ông T nhằm mục đích bán cho người khác để cùng nhau hưởng lợi.
Để thực hiện việc khai thác, nhóm này thuê 1 xe múc, 3 ô tô tải để chuyển đất.
Đến ngày 17/5/2022, khi nhóm này đang khai thác thì bị lực lượng tuần tra của UBND xã Hòa Ninh phát hiện nên chỉ kịp khai thác hơn 23 m3 đất, chưa kịp hưởng lợi.
Lần 2, để đảm bảo đẩy nhanh tiến độ thi công dự án tuyến đường DH2 do Công ty Cổ phần xây dựng dịch vụ và Thương mại 68 (gọi tắt là Công ty 68) thực hiện tại địa bàn xã Hòa Nhơn (huyện Hòa Vang, Đà Nẵng), nên ông Ng.V.Nh. (SN 1982, trú xã Hòa Nhơn, huyện Hòa Vang) là Chỉ huy trưởng của công trường, đã liên hệ với Khoa yêu cầu cung cấp đất phục vụ đổ lề đường DH2 cho nhà dân.
Do đường DH2 cao hơn nhà dân gây khó khăn cho việc người dân tiếp cận đường DH2 và Khoa đồng ý cung cấp đất để tạo mối quan hệ với Công ty 68. Vì cung cấp đất để tạo mối quan hệ nên việc cung cấp đất này không lập hợp đồng và cũng không tính tiền đất.
Để có đất, Khoa đến một thửa đất vắng người trông coi tại thôn Phước Thái (xã Hòa Nhơn, huyện Hòa Vang) để khai thác trộm.
Ngày 9/6/2022, Khoa cho người đến khai thác, vận chuyển trộm được 9 chuyến đất, đến đổ tại lề đường dự án đường DH2. Đang khai thác thì Khoa bị Công an huyện Hòa Vang bắt quả tang.
Cáo trạng của VKS kết luận, tổng khối lượng khoáng sản bị cáo 2 lần khai thác trộm là hơn 102m3, với tổng giá trị là 12.233.680 đồng.
HĐXX TAND TP Đà Nẵng đã xử phạt Phan Đăng Khoa 18 tháng tù về tội "vi phạm quy định về nghiên cứu, thăm dò, khai thác tài nguyên".
Còn đối với ông Văn Trung, Cơ quan CSĐT đã chuyển hồ sơ cho Công an huyện Hòa Vang đề xuất cơ quan có thẩm quyền xử phạt vi phạm hành chính đối với hành vi vi phạm.