Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau: Căn cứ quy định tại khoản 2 Điều 2 Thông tư 111/2013/TT-BTC ngày 15/8/2013 của Bộ Tài chính; khoản 2 Điều 8 Thông tư 111/2013/TT-BTC ngày 15/8/2013 của Bộ Tài chính; điểm i khoản 1 Điều 25 Thông tư 111/2013/TT-BTC ngày 15/8/2013 của Bộ Tài chính. Theo đó, trường hợp người sử dụng lao động chi trả cho người lao động khoản trợ cấp thôi việc thì khoản trợ cấp thôi việc chi trả theo Luật Bảo hiểm xã hội (BHXH) và Bộ luật Lao động không tính vào thu nhập chịu thuế TNCN; khoản trợ cấp thôi việc được trả cao hơn so với quy định của Luật BHXH và Bộ luật Lao động thì mới tính vào thu nhập chịu thuế TNCN của người lao động đối với phần thu nhập được trả cao hơn này.
Theo quy định tại khoản 1 Điều 25 Thông tư 111/2013/TT-BTC, khi cá nhân có phát sinh thu nhập chịu thuế TNCN thì tổ chức trả thu nhập phải khấu trừ thuế khi chi trả thu nhập và kê khai, nộp tiền thuế đã khấu trừ vào ngân sách nhà nước (công ty có trách nhiệm cấp chứng từ khấu trừ thuế TNCN cho người lao động).
Khoản thuế bị khấu trừ trong năm là khoản tạm thu, khi cá nhân thực hiện quyết toán thuế sẽ xác định lại số thuế TNCN phải nộp trong năm đó, trường hợp thu nhập của cá nhân chưa đến mức nộp thuế hoặc số thuế phải nộp thấp hơn số thuế đã khấu trừ trong năm thì cá nhân đó được hoàn thuế theo quy định. Do đó, người lao động khi quyết toán thuế có số thuế phải nộp nhỏ hơn số thuế đã khấu trừ trong năm thì sẽ được hoàn thuế theo quy định của pháp luật.
