Sau quá trình điều tra, ngày 09/01/2025, Cơ quan Cảnh sát điều tra Công an tỉnh Thanh Hóa đã ra quyết định khởi tố 04 bị can gồm: Ông Ngô Phi Hùng - Bí thư Đảng ủy xã Nam Xuân (nguyên Trưởng Phòng GD&ĐT huyện Quan Hóa); ông Lò Đức Liêm - Phó Trưởng phòng Văn hóa - Thông tin huyện Quan Hóa (nguyên Phó phòng GD&ĐT huyện Quan Hóa); ông Vũ Văn Quế - nguyên chuyên viên Phòng GD&ĐT huyện; ông Trịnh Đình Hưng - Hiệu trưởng Trường THCS Nam Xuân (nguyên Hiệu trưởng Trường PTDT nội trú THCS huyện Quan Hóa).
Kết quả điều tra Cơ quan Công an xác định, năm học 2021- 2022, các đối tượng trên đã lợi dụng chức năng, nhiệm vụ để thực hiện việc tham mưu, ký duyệt điều chỉnh đối tượng tuyển sinh, xét tuyển sinh, ký duyệt kết quả tuyển sinh lớp 6 trường Phổ thông dân tộc nội trú THCS Quan Hóa cho 36/60 học sinh không đúng đối tượng theo quy định, gây thiệt hại cho Ngân sách Nhà nước số tiền 1,2 tỷ đồng.
Hiện vụ việc đang tiếp tục được điều tra mở rộng và xử lý theo quy định của pháp luật.