Theo hồ sơ vụ việc, Công ty TNHH TM Tân Hạo Nguyên làm thủ tục tái xuất lô hàng theo tờ khai hải quan ngày 3-10-2016 tại Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực 1. Lô hàng này buộc tái xuất theo Quyết định xử phạt hành chính số 51/QĐ-HQHCM của Cục Hải quan TP.HCM.
Mặt hàng tái xuất là mỹ phẩm, thực phẩm các loại, viên thuốc con nhộng, trọng lượng 300 kg, trị giá trên 13.600 USD. Sau khi kiểm tra hàng hóa tái xuất theo khai báo của doanh nghiệp, Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực 1 thấy hàng phù hợp với khai báo nên đã lập biên bản bàn giao cho đại diện doanh nghiệp chịu trách nhiệm vận chuyển đến cửa khẩu Mộc Bài- Tây Ninh bằng xe tải đã được niêm phong hải quan bằng 2 số seal.
Cuối tháng 11-2016, doanh nghiệp xuất trình hàng hóa để làm thủ tục tái xuất tại Chi cục Hải quan cửa khẩu Mộc Bài- Cục Hải quan Tây Ninh. Khi tiến hành giám sát hiện trạng thực tế hàng hóa trên xe tải, Chi cục Hải quan cửa khẩu Mộc Bài phát hiện trên xe chỉ còn 1 seal hải quan được niêm phong bên cửa hông, còn 1 seal phía đuôi xe không còn.
Do phát hiện lô hàng bị phá vỡ niêm phong hải quan nên Chi cục Hải quan cửa khẩu Mộc Bài ban hành quyết định tạm dừng đưa hàng qua khu vực giám sát và thông báo cho Chi cục Hải quan cửa khẩu cảng Sài Gòn khu vực 1 để cùng phối hợp kiểm tra lô hàng.
Qua làm việc với ông Nguyễn Phi Long, đại diện Công ty TNHH TM Tân Hạo Nguyên, đã thừa nhận tự phá vỡ niêm phong hải quan, lấy hàng phải tái xuất ra khỏi xe, sau đó đưa lô hàng khác đưa vào xe xuất trình cho Chi cục Hải quan cửa khẩu Mộc Bài để làm thủ tục tái xuất.