Theo đề án, Bộ phận Một cửa của Bộ NN&MT sẽ được tổ chức lại thành một đầu mối thống nhất. Việc tổ chức lại này dựa trên cơ sở hợp nhất Văn phòng tiếp nhận và trả kết quả giải quyết thủ tục hành chính của Bộ Tài nguyên và Môi trường với 13 Bộ phận Một cửa tại các Cục, Vụ của Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn (nay là 8 Cục và 1 Vụ thuộc Bộ Nông nghiệp và Môi trường).
Bộ phận Một cửa mới sẽ hoạt động tại hai cơ sở: trụ sở số 10 Tôn Thất Thuyết và số 2 Ngọc Hà (Hà Nội). Đầu mối này sẽ tiếp nhận và trả kết quả đối với các thủ tục hành chính thuộc 20 đơn vị trực thuộc Bộ.
Việc xây dựng Đề án nhằm tiếp tục đổi mới cơ chế một cửa, một cửa liên thông trong giải quyết thủ tục hành chính. Mục tiêu là nâng cao chất lượng phục vụ, tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin, giảm phụ thuộc vào địa giới hành chính. Đồng thời, việc ứng dụng công nghệ thông tin sẽ giúp giảm thời gian đi lại, tiết kiệm chi phí xã hội và tạo thuận lợi cho người dân, doanh nghiệp.
Bên cạnh đó, Đề án còn nhằm bảo đảm cung cấp thông tin kịp thời, chính xác cho Lãnh đạo Bộ. Thông tin này sẽ phản ánh tình hình và kết quả giải quyết các thủ tục hành chính thuộc phạm vi quản lý và thẩm quyền giải quyết của Bộ, phục vụ hiệu quả công tác chỉ đạo, điều hành.
Công tác tiếp nhận, số hóa hồ sơ và trả kết quả giải quyết thủ tục hành chính được thống nhất; người dân và doanh nghiệp đến giao dịch, nộp hồ sơ và nhận kết quả chỉ một địa điểm tập trung; Tạo cơ chế minh bạch, hiệu quả để người dân và doanh nghiệp phản ánh, kiến nghị liên quan đến việc giải quyết các thủ tục hành chính thuộc phạm vi thẩm quyền giải quyết của Bộ.
Đổi mới việc giám sát, đánh giá chất lượng giải quyết thủ tục hành chính theo thời gian thực trên cơ sở ứng dụng công nghệ mới, bảo đảm cơ chế giám sát, đôn đốc tiến độ, kiểm soát thời gian giải quyết hồ sơ thủ tục hành chính đối với tất cả các lĩnh vực của Bộ.
Nâng cao chỉ số hài lòng của người dân, doanh nghiệp, tổ chức và công dân trong việc giải quyết các thủ tục hành chính của cơ quan nhà nước…
Bộ Nông nghiệp và Môi trường cũng đặt ra một số yêu cầu của việc kiện toàn là việc giải quyết thủ tục hành chính cho tổ chức, cá nhân theo cơ chế một cửa, một cửa liên thông được quản lý tập trung, thống nhất; Giải quyết thủ tục hành chính kịp thời, nhanh chóng, thuận tiện, đúng pháp luật, công bằng, bình đẳng, khách quan, công khai, minh bạch;
Quá trình giải quyết thủ tục hành chính được đôn đốc, kiểm tra, theo dõi, giám sát, đánh giá bằng các phương thức khác nhau trên cơ sở đẩy mạnh ứng dụng công nghệ thông tin và có sự tham gia của tổ chức, cá nhân.
Đặc biệt, không làm phát sinh chi phí thực hiện thủ tục hành chính cho tổ chức, cá nhân ngoài quy định của pháp luật; Tăng cường sự phối hợp giữa đơn vị được giao giải quyết hồ sơ thủ tục hành chính trong Bộ; Bảo đảm việc nắm bắt tình hình, kết quả giải quyết thủ tục hành chính của các đơn vị trực thuộc Bộ nhanh chóng, kịp thời.
Việc xây dựng đề án cũng kỳ vọng sẽ tăng cường trách nhiệm của cán bộ, công chức trực tiếp giải quyết các hồ sơ thủ tục hành chính, nâng cao trách nhiệm của cán bộ, công chức có liên quan tại các bước trong quá trình thực hiện thủ tục hành chính, đồng thời thực hiện trách nhiệm giải trình về thực thi công vụ trong giải quyết thủ tục hành chính theo quy định của pháp luật.