Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Phú Yên kết luận, khi làm Trưởng ban Quản lý dự án nạo vét cửa Đà Diễn, UBND tỉnh chỉ đạo về nạo vét thông luồng tạm thời cửa Đà Diễn vào năm 2017, 2018 nhưng ông Sinh không chỉ đạo cơ quan chuyên môn thực hiện đúng các quy trình, quy định trong lĩnh vực đầu tư - xây dựng để đề xuất phương án, nguồn vốn thực hiện việc nạo vét.
Trong khi đó, ông đã chỉ đạo tổ chức thi công bằng nguồn vốn xã hội hóa, chỉ đạo Ban quản lý Dự án nạo vét cửa Đà Diễn tiếp tục ký phụ lục hợp đồng thực hiện hợp đồng kinh tế đã ký với Doanh nghiệp tư nhân Bảo Châu nạo vét, hút cát theo Dự án nạo vét cửa Đà Diễn, trái với chỉ đạo của Thường trực Tỉnh ủy và UBND tỉnh.
Ông Sinh không thực hiện chỉ đạo của UBND tỉnh về rà soát đánh giá sự cần thiết tiếp tục thực hiện Dự án nạo vét cửa Đà Diễn, chỉ đạo tiếp tục nạo vét đủ khối lượng cát theo hồ sơ thiết kế; ký hợp đồng kinh tế và các văn bản cho phép tiêu thụ nội địa khối lượng cát nhiễm mặn không đúng thẩm quyền.
Cũng theo kết luận của Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Phú Yên, trong thời gian được Chủ tịch UBND thành phố Tuy Hòa phân công xử lý công việc thay ông Lê Vĩnh Thành, Phó Chủ tịch UBND thành phố Tuy Hòa, ông Nguyễn Lương Sinh đã thiếu kiểm tra hồ sơ, thủ tục, ký cấp 4 giấy chứng nhận quyền sử dụng đất cho hộ gia đình, cá nhân trái quy định.
"Sai phạm của đồng chí Nguyễn Lương Sinh gây dư luận xấu trong cán bộ, đảng viên và nhân dân và làm giảm uy tín cá nhân của đồng chí", Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Phú Yên nêu rõ. "Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Phú Yên căn cứ vào quy định số 102 của Bộ Chính trị đã quyết định thi hành kỷ luật bằng hình thức cảnh cáo đối với đồng chí Nguyễn Lương Sinh".
Ủy ban Kiểm tra Tỉnh ủy Phú Yên đồng thời yêu cầu Ban Thường vụ Thành ủy Tuy Hòa chỉ đạo xem xét, xử lý kỷ luật đối với ông Phan Khánh, nguyên Trưởng phòng Kinh tế, nguyên Phó Trưởng ban quản lý Dự án nạo vét cửa Đà Diễn; xử lý theo quy định đối với các giấy chứng nhận quyền sử dụng đất đã cấp không đúng.