Chùa Long Vân gắn liền với di tích lịch sử - văn hóa đã được Nhà nước xếp hạng đó là đình Vân Ngoại thờ Thái úy Đỗ Anh Vũ thời vua Lý Anh Tông (1136 – 1175). Người có công đánh đuổi giặc ngoại xâm và khai thiên lập ấp quanh vùng, được sắc phong họ của vua.
Địa điểm của chùa nằm ở phía tây đình làng Vân Ngoại, cách khoảng 200m có một con đường làng lát gạch nghiêng chạy từ làng qua đình làng, qua chùa ra tới Bô Thời, chợ Lác, đường quanh co uốn lượn có cánh đồng lúa trải dài tạo nên một cảnh quan thiên nhiên tuyệt đẹp của một vùng quê.
Khuôn viên chùa Long Vân xưa có diện tích khoảng trên 9.000m2, đất vườn ruộng khoảng 4.500m2, gồm một ngôi chùa 5 gian có hiên bao xung quanh. Phía đông chùa có khu lăng mộ có 2 lăng tháp cao và nhiều lăng tháp nhỏ. Nhân dân quanh vùng chỉ còn nhớ có sư cụ chủ tự tên húy là Phạm Huy Trụ, là chủ tự trước năm 1953. Hằng năm, vào ngày lễ, ngày tết, tuần rằm, mồng một, Nhân dân quanh vùng đều đến thắp hương lễ nhật cầu mong những điều tốt đẹp đem lại niềm tin cho bản thân và mọi người.
Tháng 2/2005, được sự thống nhất, Ban công tác Mặt trận cùng với Nhân dân thôn Vân Ngoại đã họp bàn phát động toàn dân công đức quyên góp xây dựng lại được 3 gian thờ phật, diện tích khoảng 80m2 tại khu đất cũ của chùa. Để bảo đảm duy trì thường xuyên nơi thờ tự, năm 2014, Ban công tác Mặt trận và Nhân dân thôn Vân Ngoại mời Đại Đức Thích Minh Đức về trụ trì chùa Long Vân.
Từ đó đến nay, các hoạt động của nhà chùa ngoài việc tuyên truyền phật pháp theo đúng chủ trương giáo hội, nhà chùa còn tổ chức nhiều đợt thiện nguyện thăm hỏi, động viên tặng quà cho các gia đình chính sách như: Thương binh, liệt sĩ, các gia đình có hoàn cảnh khó khăn, các cháu học sinh có hoàn cảnh đặc biệt nhân dịp Tết Nguyên đán hoặc các ngày lễ… Các hoạt động mang tính nhân văn đó đều đạt hiệu quả cao, đã được Ủy ban MTTQ Việt Nam các cấp biểu dương và ghi nhận.
Sau quá trình tìm hiểu, nghiên cứu với sự tư vấn của các nhà khoa học hàng đầu, Liên hiệp các Hội UNESCO Việt Nam ghi nhận chùa Long Vân là một công trình giàu giá trị văn hóa. Ngày 19/10/2023, chùa được Liên hiệp các Hội UNESCO Việt Nam công nhận là “Không gian văn hóa tâm linh chùa Long Vân”. Ngày 22/10, chùa tổ chức lễ đón nhận chứng nhận “Không gian văn hóa tâm linh chùa Long Vân” với sự tham gia của đông đảo quần chúng Nhân dân và đại diện chính quyền địa phương.