Một trong những điểm mới nổi bật của Luật năm 2015 là khoản 4 Điều 14 quy định cấm “quy định thủ tục hành chính trong thông tư... của Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ..., trừ trường hợp được giao trong Luật”. Theo Bộ Giao thông Vận tải (GTVT), hiện nay, trong một số điều ước quốc tế liên quan đến lĩnh vực GTVT mà Việt Nam ký với các nước có quy định giao Bộ GTVT cấp một số giấy phép để thực hiện nhiệm vụ quản lý nhà nước. Do vậy, Bộ GTVT đề nghị Bộ Tư pháp hướng dẫn Bộ GTVT có thể quy định những thủ tục hành chính này vào Thông tư của Bộ trưởng Bộ GTVT. Đây cũng chính là kiến nghị của nhiều bộ, ngành khác.
Về vấn đề này, Bộ Tư pháp phân tích: Theo quy định tại khoản 4 Điều 14 Luật năm 2015 thì từ ngày 01/7/2016, Bộ trưởng, Thủ trưởng cơ quan ngang bộ, HĐND, UBND các cấp chỉ được quy định thủ tục hành chính trong trường hợp được luật giao. Luật năm 2015 bổ sung quy định này là nhằm hạn chế các bộ, ngành và các cấp chính quyền địa phương đặt ra các thủ tục hành chính trong văn bản quy phạm pháp luật, góp phần tạo lập môi trường kinh doanh thông thoáng, thuận lợi, bảo vệ tốt hơn quyền, lợi ích hợp pháp của người dân, doanh nghiệp.
Đối với trường hợp một số điều ước quốc tế liên quan đến lĩnh vực GTVT mà Việt Nam ký với các nước có quy định giao Bộ GTVT cấp một số giấy phép, Bộ Tư pháp phân tích: Với yêu cầu, điều kiện, trình tự, thủ tục, hồ sơ (thủ tục hành chính) để cấp các giấy phép đó, có thể có hai trường hợp. Cụ thể, nếu điều ước quốc tế nêu trên giao Bộ trưởng Bộ GTVT quy định yêu cầu, điều kiện, trình tự, thủ tục, hồ sơ cấp giấy phép thì Bộ trưởng ban hành thông tư để quy định. Còn trong trường hợp thứ hai, nếu điều ước quốc tế không giao Bộ trưởng Bộ GTVT quy định yêu cầu, điều kiện, trình tự, thủ tục, hồ sơ cấp giấy phép, thì Bộ trưởng Bộ GTVT báo cáo Thủ tướng Chính phủ ban hành quyết định hoặc báo cáo Chính phủ ban hành nghị định để quy định theo đúng tinh thần tại khoản 4 Điều 14 Luật năm 2015.
Cũng mong có giải pháp kịp thời tháo gỡ khó khăn, Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn thì mạnh dạn đề nghị Bộ Tư pháp nghiên cứu, đánh giá tình hình thực thi Luật năm 2015, cần thiết đề xuất Chính phủ đề nghị Quốc hội sửa đổi, bổ sung Luật này. Bộ Tư pháp rất chia sẻ với các bộ, ngành, địa phương bởi Luật năm 2015 có nhiều quy định mới với yêu cầu cao hơn, chặt chẽ hơn trong quy trình xây dựng, ban hành văn bản quy phạm pháp luật nên trong thời gian đầu thi hành Luật năm 2015, một số bộ, ngành, địa phương còn gặp khó khăn, vướng mắc trong việc áp dụng Luật.
Để giúp bộ, ngành, địa phương tháo gỡ khó khăn, vướng mắc, Bộ Tư pháp đã gửi các bộ, ngành, địa phương nhiều công văn hướng dẫn, đôn đốc, trả lời về một số quy định của Luật năm 2015 và Nghị định số 34. Tuy nhiên, theo Kế hoạch của Bộ Tư pháp thực hiện Kế hoạch số 1141-KH/BCSĐCP của Ban Cán sự Đảng Chính phủ thực hiện Kết luận số 01-KL/TW của Bộ Chính trị về việc tiếp tục thực hiện Nghị quyết số 48-NQ/TW của Bộ Chính trị về Chiến lược xây dựng và hoàn thiện hệ thống pháp luật Việt Nam đến năm 2010, định hướng đến năm 2020, thì năm 2018 sẽ đánh giá 03 năm và năm 2020 sẽ đánh giá 05 năm thực hiện Luật năm 2015 để nếu cần thiết thì báo cáo Chính phủ xem xét việc đề nghị sửa đổi, bổ sung.