Triển khai thực hiện Nghị quyết số 18-NQ/TW ngày 25/10/2017 của Ban chấp hành TW khóa XII quy định một số vấn đề về tiếp tục đổi mới, sắp xếp tổ chức bộ máy của hệ thống chính trị, tinh gọn, hoạt động, hiệu quả, Tổng cục Thuế đã xây dựng Đề án sắp xếp, hợp nhất Chi cục Thuế cấp huyện để thành lập Chi cục Thuế khu vực.
Ngày 13/4/2018, Bộ trưởng Bộ Tài chính đã ban hành Quyết định 520/QĐ-BTC về việc phê duyệt Kế hoạch sắp xếp, sáp nhập Chi cục Thuế quận, huyện, thị xã, thành phố thành Chi cục Thuế khu vực thuộc Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc TW.
Theo lộ trình đến hết năm 2020, toàn hệ thống thuế sẽ phải hợp nhất khoảng 548 Chi cục Thuế quận, huyện, thị xã, thành phố của 63 Cục Thuế thành 257 Chi cục Thuế khu vực, giảm 291 Chi cục Thuế, chỉ còn 420 Chi cục Thuế cấp quận, huyện, thị xã, thành phố trong toàn quốc.
Xác định đây là nhiệm vụ trong tâm nhưng cũng rất khó khăn, vì vậy trong quá trình thực hiện cần phải có kế hoạch triển khai theo lộ trình phù hợp. Ngành thuế đã thực hiện làm điểm, qua đó rút kinh nghiệm để triển khai các đợt tiếp theo.
Năm 2018, Tổng cục thuế thực hiện làm điểm thực hiện việc sắp xếp, hợp nhất Chi cục thuế khu vực tại 06 Cục Thuế ( Quảng Ninh, Hải Dương, Yên Bái, Quảng Ngãi, Lâm Đồng, Cà Mau) hợp nhất 34 Chi cục Thuế thành 16 Chi cục Thuế khu vực, giảm 18 chi cục thuế.
Năm 2019, Tổng cục Thuế thực hiện 5 đợt triển khai, hợp nhất 434 Chi cục Thuế thành 207 Chi cục Thuế khu vực, giảm 225 Chi cục Thuế.
Trong tháng 1 và tháng 2 năm 2020 Tổng cục Thuế đã thực hiện 2 đợt cuối cùng hợp nhất 97 Chi cục Thuế thành 46 Chi cục Thuế khu vực, giảm 51 Chi cục Thuế.
Như vậy từ cuối năm 2018, trong năm 2019 và hai tháng đầu năm 2020, Bộ trưởng Bộ Tài chính đã ký ban hành 111 Quyết định thành lập Chi cục Thuế khu vực trực thuộc 63 Cục Thuế tỉnh, thành phố trong cả nước, qua đó, tiến hành sắp xếp hợp nhất 565 Chi cục Thuế để thành lập 269 Chi cục Thuế khu vực, giảm 296 chi cục thuế.
Tính đến hết tháng 2/2020, toàn hệ thống Thuế đã hoàn thành việc hợp nhất các Chi cục Thuế. Số lượng Chi cục Thuế sau khi hợp nhất còn lại là 415 Chi cục Thuế, đạt 102% kế hoạch và vượt thời gian trước 10 tháng theo quyết định 41/2018/QĐ-TTg ngày 25/9/2019 của Thủ tướng Chính phủ và Quyết định 520/QĐ-BTC ngày 13/4/2018 của Bộ trưởng Bộ Tài chính.
Đồng thời, do làm tốt công tác chuẩn bị trước và sau khi hợp nhất như công tác đảng, đoàn thể; tuyên truyền, giáo dục tư tưởng; sắp xếp tổ chức, bộ máy nhân sự; nghiệp vụ chuyên môn; quản lý tài sản, tài chính, xây dựng cơ bản và ấn chỉ; công nghệ thông tin; công tác pháp chế, trách nhiệm pháp lý… nên về cơ bản các Cục Thuế không gặp vướng mắc lớn, các Chi cục Thuế khu vực hoạt động ổn định, không xáo trộn, không gây khó khăn cho người nộp thuế.