Một số cuộc kiểm toán chuyên đề đã phát hiện nhiều sai sót, bất cập như: Kiểm toán việc thực hiện cơ chế tự chủ đối với các trường đại học công lập giai đoạn 2016-2018 tại Bộ GD&ĐT; kiểm toán việc thực hiện cơ chế tự chủ đối với các bệnh viện công lập giai đoạn 2016-2018 tại Bộ Y tế.
Đáng chú ý, Kiểm toán Chương trình mục tiêu phát triển kinh tế - xã hội các vùng giai đoạn 2016-2020 theo Quyết định số 1256/QĐ-TTg ngày 21/8/2017 của Thủ tướng Chính phủ, cơ quan kiểm toán đã kiến nghị xử lý tài chính 2.534 tỷ, đồng thời đánh giá mục tiêu cụ thể đến năm 2020 của Chương trình khó có thể đạt được.
Cũng theo báo cáo, thực hiện kiểm toán Quỹ hỗ trợ sắp xếp và phát triển doanh nghiệp giai đoạn 2011-2017, phát hiện nguồn hình thành của Quỹ khá lớn; đến 31/12/2017 sau khi được bàn giao cho Bộ Tài chính, số dư Quỹ được ghi nhận là 112.513 tỷ; số liệu còn phải thu, phải nộp chưa được nộp về Quỹ là 3.536 tỷ đồng; số tiền ứng NSNN để đầu tư vào 5 bệnh viện trọng điểm theo quyết định của Thủ tướng từ Quỹ chưa được theo dõi số phải thu 9.329 tỷ.
Trong khi đó, kiểm toán việc quản lý và sử dụng đất trong và sau khi cổ phần hóa doanh nghiệp Nhà nước giai đoạn 2011-2017, KTNN kiến nghị xử lý tài chính 1.368,8 tỷ; xem xét xử lý 7.591.427m2 và 3 thửa đất tại các địa phương được kiểm toán theo quy định pháp luật; kiến nghị kiểm điểm, xử lý trách nhiệm nhiều tập thể, cá nhân với các sai phạm, khuyết điểm qua kiểm toán.
Ngoài ra, trong năm 2019, KTNN đã kiểm toán việc thực hiện Nghị quyết 42 về thí điểm xử lý nợ xấu của các tổ chức tín dụng. Kết quả cho thấy tỷ lệ số hồ sơ theo Nghị quyết 42 tại các tổ chức tín dụng còn thấp, các biện pháp xử lý theo Nghị quyết 42 gồm 06 nhóm biện pháp thì chủ yếu mới chỉ thực hiện được theo hình thức thu giữ tài sản đảm bảo và bán nợ theo giá thị trường, các hình thức khác chưa được áp dụng.
Đặc biệt, kiểm toán Ngân hàng Phát triển Việt Nam (VDB) phát hiện: Hoạt động tín dụng thời gian qua của VDB gặp rất nhiều khó khăn, kết quả chênh lệch thu - chi năm 2018 của VDB âm 866,5 tỷ; lỗ lũy kế đến 31/12/2018 là 4.873,1 tỷ; nợ xấu tại thời điểm 31/12/2018 là 46.116,6 tỷ, chiếm 17,2% tổng dư nợ. Trong khi đó việc trích lập dự phòng rủi ro chỉ là 5.790,1 tỷ đồng, bằng 12,5% tổng nợ xấu... tiềm ẩn rủi ro lớn trong tổ chức hoạt động; hiện nay số liệu bù chênh lệch lãi suất mà NSNN phải cấp bù cho VDB tại thời điểm 31/12/2018 rất lớn là 13.496,3 tỷ.
Từ kết quả kiểm toán tại tổ chức tín dụng này, KTNN đã chuyển hồ sơ hai vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự sang Cơ quan CSĐT để xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật. Thứ nhất, vụ việc Công ty Cổ phần Tập đoàn Thái Hòa Việt Nam có dấu hiệu lập khống hồ sơ mua bán hàng hóa giữa Công ty mẹ và Công ty con để hợp thức hóa hồ sơ vay vốn ngân hàng nhằm đảo nợ các khoản vay sử dụng cho mục đích khác dẫn đến không trả được nợ gốc và lãi vay đến 30/4/2019 là 342,7 tỷ đồng. Công ty không minh bạch trong việc sử dụng vốn vay, không phối hợp với ngân hàng trong việc kiểm tra hàng hóa hình thành từ vốn vay.
Thứ hai là vụ việc Công ty TNHH Xây dựng Phúc Hưng có dấu hiệu làm giả hồ sơ vay vốn để được giải ngân và sử dụng vốn vay cho mục đích khác dẫn đến không trả được nợ gốc và lãi vay đến 30/4/2019 là 32 tỷ đồng (Công ty đã ngừng hoạt động từ năm 2011 đến nay). Sở Giao dịch 1 - Ngân hàng Phát triển Việt Nam chưa thực hiện đầy đủ trách nhiệm trong việc kiểm tra, giám sát đối với khách hàng.
Cũng theo KTNN, tại một số địa phương được kiểm toán phát hiện một số sai sót lớn như: Giao đất chỉ định không qua đấu giá, giao đất không đúng đối tượng hoặc giao đất khi đã có ý kiến chỉ đạo tạm dừng việc xem xét, quyết định sử dụng tài sản công để thanh toán cho nhà đầu tư dự án; chỉ định doanh nghiệp làm chủ đầu tư dự án xây dựng nhà ở thương mại trong khi công ty chưa có quyền sử dụng hợp pháp theo quy định…
Trong năm 2019, KTNN đã cung cấp 41 bộ hồ sơ kiểm toán cho các cơ quan của Quốc hội, Ủy ban Kiểm tra Trung ương, Tòa án, CQĐT và các cơ quan nhà nước khác có thẩm quyền để phục vụ công tác điều tra, kiểm tra, giám sát và thực hiện tố tụng. Trong đó, có báo cáo kiểm toán và các tài liệu kiểm toán của Công an tỉnh Đồng Nai; Quân chủng Hải quân; Công ty TNHH MTV Tổng Công ty Tân Cảng Sài Gòn; chuyên đề quản lý, sử dụng nguồn vốn ODA giai đoạn 2015-2017 của Bộ Y tế…