Sau khi mua Ngân hàng Đại Tín, Phạm Công Danh thực hiện nhiều thủ đoạn rút tiền khác nhau để trả các khoản nợ này. Tại phiên tòa, Phạm Công Danh không khai gì về các khoản này, mà luôn đánh lạc hướng để biến mình thành “nạn nhân”, đổ tiền ra để cứu ngân hàng.
Điều đáng suy nghĩ là số tiền Phạm Công Danh vay trước đó hiện đang ở đâu chưa được làm rõ, trong khi Phạm Công Danh dùng tiền do phạm tội mà có để trả nợ. Phạm Công Danh thì luôn cho rằng mình thừa khả năng khắc phục thiệt hại, thực tế thì cho đến nay, hậu quả của vụ án được khắc phục là do thu hồi tiền từ người khác, bản thân Phạm Công Danh chưa hề nộp thêm một khoản tiền nào để khắc phục hậu quả.
Kết quả điều tra cho thấy, ngày 31/12/2011, Công ty cổ phần đầu tư phát triển Hải Tiến (Công ty Hải Tiến) và Tổng công ty tài chính cổ phần dầu khí Việt Nam (PVFC) ký hợp đồng ủy thác đầu tư. PVFC ủy thác cho Công ty Hải Tiến đầu tư hơn 728 tỷ đồng, Công ty Hải Tiến nhận ủy thác không chịu rủi ro, PVFC chịu mọi trách nhiệm và rủi ro. Công ty Hải Tiến trả cho PVFC mức lãi 22%/năm và được hưởng phí 1,5%/năm. Nội dung đầu tư là nhận chuyển nhượng quyền với hơn 11.000 m2 đất tại sân vận động Chi Lăng Đà Nẵng đứng tên các công ty của Phạm Công Danh. Công ty Hải Tiến đã chuyển cho các công ty của Phạm Công Danh hơn 728 tỷ đồng. Điều đáng lưu ý là các thửa đất này trước đó Phạm Công Danh xin UBND TP. Đà Nẵng giao đất là để “đầu tư dự án” chứ không phải để bán.
Ngày 3/4/2012, các bên thỏa thuận chấm dứt hợp đồng chuyển nhượng, các công ty của Phạm Công Danh phải trả lại cho Công ty Hải Tiến hơn 728 tỷ đồng tiền gốc và hơn 42 tỷ đồng tiền lãi. Ngay sau đó, ngày 4/4/2012, Công ty Hải Tiến và VPFC ký một thỏa thuận mới, PVFC chỉ định Công ty Hải Tiến ký Hợp đồng hứa chuyển nhượng – hứa nhận chuyển nhượng với Tập đoàn Thiên Thanh lô đất hơn 20.000 m2 và tài sản trên đất tại phường 15, quận 10 của Bộ Tư lệnh quân khu 7 với tổng giá trị lên đến 1.793 tỷ đồng. Dù Tập đoàn Thiên Thanh không có quyền gì với lô đất này, Công ty Hải Tiến vẫn chuyển cho Tập đoàn Thiên Thanh số tiền 1.793 tỷ đồng.
Tháng 9/2013, Tập đoàn Thiên Thanh và Công ty Hải Tiến thỏa thuận chấm dứt Hợp đồng hứa chuyển nhượng lô đất hơn 20.000 m2, Tập đoàn Thiên Thanh xác nhận phải trả lại Công ty Hải Tiến 1.793 tỷ đồng đã nhận và 330 tỷ đồng tiền lãi. Như vậy, Phạm Công Danh nợ Công ty Hải Tiến hơn 2.100 tỷ đồng, mà thực chất là tiền của PVFC. Liệu đây là quan hệ đầu tư, chuyển nhượng tài sản hay thực chất là quan hệ vay mượn?
Cũng vào tháng 4/2012, Phạm Công Danh đã lập hồ sơ vay một ngân hàng số tiền 2.600 tỷ đồng để thực hiện Dự án bất động sản tại Sân vận động Chi Lăng Đà Nẵng. Sau khi giải ngân, số tiền này được chuyển lòng vòng nhưng đều tập trung về Phạm Công Danh và được Danh sử dụng cho các mục đích cá nhân.
Năm 2013, sau khi mua Ngân hàng Đại Tín từ Hứa Thị Phấn, Phạm Công Danh đã “tăng tốc”, dùng mọi thủ đoạn rút tiền ngân hàng để trả nợ cũ và tiếp tục chi tiêu: Lập hợp đồng khống thuê trụ sở 268 Tô Hiến Thành TP.HCM rút được 201 tỷ đồng của Ngân hàng Xây Dựng, Phạm Công Danh trả Công ty Hải Tiến 154,9 tỷ đồng; Lập hồ sơ khống vay một ngân hàng khác 1.668 tỷ đồng, Phạm Công Danh trả cho Công ty Hải Tiến 100 tỷ đồng; Lập hồ sơ khống vay một ngân hàng 4.700 tỷ đồng, Phạm Công Danh trả cho Công ty Hải Tiến 623 tỷ đồng… Tháng 2/2014, Công ty Hải Tiến xác nhận Tập đoàn Thiên Thanh thanh toán xong khoản nợ. Khoản vay 2.600 tỷ đồng trước đó tại một ngân hàng cũng được Phạm Công Danh trả nợ từ số tiền có nguồn gốc từ hành vi phạm tội trong vụ án.
Tại phiên tòa giai đoạn 1 cũng như giai đoạn 2, cho đến nay, mối quan hệ giữa Phạm Công Danh, Công ty Hải Tiến và PVFC chưa được làm rõ. Điều đáng ngạc nhiên là Phạm Công Danh chưa bao giờ yêu cầu thu hồi số tiền đã trả cho Công ty Hải Tiến, mặc dù số tiền này có nguồn gốc từ hành vi phạm tội. Toàn bộ số tiền 1.793 tỷ đồng có nguồn gốc từ PVFC mà Phạm Công Danh đã nhận của Công ty Hải Tiến thực chất là số tiền liên quan đến vụ án. Giả sử Phạm Công Danh vay tiền trước đó để mua bất động sản, rồi dùng tiền phạm tội để trả nợ vay, thì Phạm Công Danh vẫn đang sở hữu bất động sản đã mua mà không phải trả nợ. Số tiền này hiện đang ở đâu, được sử dụng mua những tài sản nào, tại sao không làm rõ và truy tìm số tiền này để thu hồi, đây là vấn đề được một số luật sư đặt ra.
Trong tổng số hơn 20.000 tỷ đồng được rút ra từ các hành vi phạm tội trong vụ án ở cả giai đoạn 1, giai đoạn 2, Phạm Công Danh sử dụng trả nợ cá nhân, nợ của Tập đoàn Thiên Thanh, chi tiêu không rõ địa chỉ gần 8.000 tỷ đồng, chưa bao gồm số tiền 4.500 tỷ đồng tăng vốn điều lệ Ngân hàng Xây Dựng. Các khoản nợ này thực chất là các khoản tiền hay tài sản Phạm Công Danh đã rút ra từ các nguồn khác trước đó, sau đó dùng tiền phạm tội để bù đắp.
Ông Đinh Văn Quế, nguyên Chánh tòa Hình sự Tòa án nhân dân Tối Cao đã từng có ý kiến hành vi của Phạm Công Danh có dấu hiệu của tội Lạm dụng tín nhiệm chiếm đoạt tài sản hoặc tội Lừa đảo chiếm đoạt tài sản, chứ không phải tội Cố ý làm trái và Vi phạm quy định về cho vay. Theo một số luật sư, xử lý Phạm Công Danh về hành vi chiếm đoạt tài sản thì mới đúng bản chất vụ án và từ đó truy tới cùng các tài sản của Phạm Công Danh hình thành từ các khoản nợ trước đó hiện đang ở đâu.