Cụ thể, Chính phủ quyết nghị phân công Phó Thủ tướng Chính phủ Trương Hòa Bình, Chủ tịch Hội đồng tư vấn đặc xá năm 2016, thay mặt Chính phủ chủ trì, phối hợp với Tòa án nhân dân tối cao, Viện kiểm sát nhân dân tối cao và các cơ quan, tổ chức có liên quan xét duyệt hồ sơ, danh sách người được đề nghị đặc xá trong trường hợp đặc biệt theo Điều 21, Điều 22 Luật Đặc xá và Điều 5 Quyết định số 2230/2016/QĐ-CTN ngày 17/10/2016 của Chủ tịch nước về đặc xá năm 2016, trình Chủ tịch nước xem xét, quyết định.
Trước đó, sau khi nhận được Tờ trình của Chính phủ, Chủ tịch nước Trần Đại Quang đã ký Quyết định số 2230/2016/QĐ-CTN về đặc xá năm 2016 và Quyết định về việc thành lập Hội đồng tư vấn đặc xá năm 2016.
Quyết định về đặc xá năm 2016 gồm 7 Điều, quy định rõ về thời gian đã chấp hành án phạt tù để xét đặc xá; đối tượng đặc xá; điều kiện được đề nghị đặc xá; các trường hợp không đề nghị đặc xá; đặc xá trong trường hợp đặc biệt...
Hội đồng tư vấn đặc xá năm 2016 gồm 10 thành viên, do Phó Thủ tướng Chính phủ Trương Hòa Bình làm Chủ tịch Hội đồng. Các ủy viên gồm đại diện lãnh đạo các bộ, ngành: Bộ Công an, Bộ Quốc phòng, Văn phòng Chủ tịch nước, Văn phòng Chính phủ, Tòa án Nhân dân Tối cao, Viện Kiểm sát Nhân dân Tối cao, Bộ Ngoại giao, Bộ Tư pháp, Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam.